The importance of antibiotic production for the control of many plant pathogens has been proven for several biocontrol agents. However, the exact mechanisms through which antibiotics operate in order to reduce disease are seldom investigated, and are often assumed to suppress plant pathogen populations through toxicity. Moreover, recent studies have shown that the effect of antibiotics on pathogens is dose-dependent, and that at low, subinhibitory concentrations - which are thought to be prevalent under soil conditions - transcriptional activity rather than viability is affected. Experimental results where the biocontrol of the common scab of potato pathogen, Streptomyces scabies, was achieved in controlled and field trials through the down-regulation of expression of virulence genes, relying on the presence of a phenazine, will be presented as a case study. A literature overview of the fate of antibiotics in soil and their potential roles in the ecosystem will also validate the importance of mechanistically understanding how beneficial microorganisms can achieve disease reduction through antibiosis. This wider understanding will allow the identification and optimization of the conditions necessary for successful disease reduction, and help us anticipate the broader effects of treatments on agroecosystems and their sustainability. Le pourridié phytophthoréen (PRR) et la nécrose racinaire précoce (ARR), causés respectivement par deux oomycètes, Phytophthora medicaginis et Aphanomyces euteiches, sont deux maladies prépondérantes causant le dépérissement de nos luzernières au Québec. Une approche de sélection basée sur l’utilisation de marqueurs moléculaires pourrait faciliter significativement l’identification de génotypes de luzerne résistants et, par conséquent, accélérer le développement de cultivars supérieurs. À partir de germoplasmes de luzerne sensibles au PRR et à l’ARR, nous avons généré des populations plus résistantes à l’aide de trois cycles de sélection récurrente sous haute pression pathogénique. Des marqueurs SRAP (polymorphisme d’amplification liés à la séquence) liés à la résistance au PRR ou à l’ARR ont été identifiés par analyse de ségrégants regroupés. Dans le cas de la résistance au PRR, trois cycles de sélection récurrente ont suffi pour amener des populations initialement sensibles (0 - 5 % de plants résistants) à développer une haute résistance (>50 % de plants résistants). La progression de la résistance à l’ARR a été moins fulgurante, ce qui semble indiquer que la génétique à la base de la résistance est plus complexe. Des tests croisés sont en cours pour vérifier si la sélection contre un organisme pathogène génère aussi des gains en résistance à l’autre oomycète. Dans des conditions de plein champ, l’effet d’une seule année de rotation avec le maïs, les cultures de crucifères (canola suivi d’une moutarde blanche) en engrais vert, l’avoine et le millet perlé fourrager sur les densités du Pratylenchus penetrans a été mesuré, de même que son incidence sur les dégâts et pertes reliés à la verticilliose, Verticillium dahliae, dans une plantation de fraisier l’année suivante. Les densités de P. penetrans les plus faibles ont été enregistrées à la suite du millet perlé fourrager et aux engrais verts de crucifères, lesquels ont aussi réduit l’incidence de la verticilliose et augmenté la croissance des plants de fraise. Lors de deux essais supplémentaires, les engrais verts de crucifères ont été complémentés avec un amendement en fumier de poulet ainsi qu’un paillis plastique afin d’augmenter l’efficacité de la biofumigation. L’ajout d’un paillis plastique immédiatement après l’enfouissement du premier engrais vert a réduit de manière significative les populations de nématode dans un des essais seulement. L’ensemble des résultats ne nous permet pas de conclure sur l’efficacité de la biofumigation pour réduire les densités du P. penetrans et la verticilliose chez la fraise. Les superficies de soja sont en constante augmentation à travers le monde, …