McGill University Thèses et mémoires publiés en 2018

Maric, Milan (Internal/Cosupervisor2)  Lire la suite

Tight regulation of organellar pH along the secretory and endocytic pathways is crucial for posttranslational processes including protein glycosylation, sorting, trafficking, recycling and degradation. This pH homeostasis is achieved by a balance between the activities of the vacuolar H+-ATPase (V-ATPase), which pumps H+ into endomembrane compartments, counterion chloride conductances and alkali cation (Na+, K+)/proton (H+) exchangers (NHE6-9/SLC9A6-9) of the NHE/SLC9A gene family.Recently, linkage analysis and exome sequencing of the entire X-chromosome of four Australian male family members across two generations who presented clinically with idiopathic intellectual disability (ID) revealed a novel missense mutation (c.1686C>T, p.L515F) in the predicted twelfth transmembrane …  Lire la suite

Shaw, Steven (Supervisor2)  Lire la suite

A nanofluidic assay consisting of nanochannels coupled to an optical trap is used to probe the nonequilibrium dynamics of DNA molecules confined in one dimension. A trapped bead occupying a volume fraction slightly smaller than the channel's cross section is used as a permeable sliding nanogasket to compress a single DNA molecule. The nanogasket applies a compressive force to drive the DNA from a state of equilibrium to a well defined steady state. These nonequilibrium measurements are quantified by a simple nonlinear convective-diffusion formalism, which encode information about the local blob statistics. The transient dynamics of the DNA driven from …  Lire la suite

Jordan, Steve (Supervisor1)  Lire la suite

La depression majeure est un trouble mental qui affecte 300 millions d'individus et représente la première cause d'invalidité dans le monde. La survenue de la dépression est fortement précipitée par les expériences de vie aversives pendant le développement, en particulier la maltraitance infantile, qui augmente de façon considérable le risque de suicide. Bien que notre groupe de recherche ait précédemment caractérisé les altérations cellulaires et moléculaires de la matière blanche corticale frontale associées à la dépression et la maltraitance infantile, les effets de ces deux facteurs dans la matière blanche sous corticale, en particulier les faisceaux associatifs tel que le …  Lire la suite

In Western music, temperament grants ease of performance and listening especially when it comes to harmony, whose multiplicity is built upon instrument intonation. However, our fluid perception allows other aspects of music such as timbre, blend and sensory dissonance to affect intonation. This thesis investigates how musicians perceive and compensate for the interacting effects of timbre, blend and sensory dissonance when tuning and rating harmonic intervals. The first two experiments involved an interval-tuning task and the third experiment involved a perceptual rating task for the unison, minor second, major third, tritone, perfect fifth, major sixth, minor seventh and octave. A …  Lire la suite

Bernard, Daniel (Internal/Cosupervisor2)  Lire la suite

Matriphagy est une oeuvre pour orchestre de chambre de 19 musiciens qui explore le phénomènede matriphagie, le comportement où certains organismes vont consommer leur propre mère. Lapièce est divisée en cinq sections où chacune représente une étape spécifique du processus: lamère, la gestation de la progéniture, la consommation de la mère et puis l'autonomie de laprogéniture. Pour la transposition dans le sonore de ces étapes, je m'appuie sur deux conceptscomplémentaires du domaine de la perception auditive, tels que définis par le chercheur AlBregman. Ces concepts sont ceux de l'intégration et de la ségrégation des flux sonores dansl'espace perceptuel. L'étude des …  Lire la suite

Biological sequence alignment is a task that is critical for identifying regions of similarity that may be a consequence of functional, structural, or evolutionary relationships between DNA, RNA or protein sequences. The Multiple Sequence Alignment (MSA) problem isan NP-hard problem. Consequently, practical approaches to the problem are all heuristics-based. However, these heuristics are imperfect and there is a need to change our approach to the MSA problem in order to deal with these imperfections. Reinforcement Learning (RL) techniques are currently very popular and have been used to solve tasks similar to the MSA problem, but have not yet been used …  Lire la suite

Andrews, Mark P. (Internal/Cosupervisor2)  Lire la suite

La résolution de la Révolution américaine de 1783 mettrait fin à un lien entre deux peuples quiavaient paru auparavant interminables. Bien que les deux projettent réflexivement une assurance de soi à l'autre, la révolution initierait une renégociation de la politique identitaire qui régissait depuis longtemps les deux nations. Dans le théâtre britannique et américain au tournant du dix-huitième siècle, cette crise d'identité était encore palpable. À travers une double analyse de l'histoire de performance de Dunlap's André d'un côté de l'Atlantique et de la popularité sensationnelle de Pizarro de Richard Brinsley Sheridan, cette thèse tente de montrer que les notions …  Lire la suite

Colmegna, Inés (Supervisor1)  Lire la suite

Kamen, Amine (Internal/Supervisor)  Lire la suite

Grad, Roland (Internal/Supervisor)  Lire la suite

L'analyse canonique des corrélations (ACC) est une méthode pour décrire la relation entre deux ensembles de données multivariés. Mathématiquement, l’ACC est très générale, ce qui en fait un candidat populaire pour l'extension mathématique. Cependant, la complexité computationnelle de l'ACC et de ses extensions peut les rendre inaccessibles pour de nombreux chercheurs appliqués. Ce papier résume deux extensions de l’ACC pour l'analyse de plusieurs populations et introduit un paquet R, sccaws, qui rend ces extensions immédiatement accessibles aux chercheurs appliqués. L'introduction du paquet sccaws inclue une vue d’ensemble des fonctions du paquet et deux exemples d'analyses illustrant son utilité. Les exemples …  Lire la suite

Cette thèse catalogue et réexamine les principales caractéristiques architecturales qui ont été découvertes dans la ville de Khirbet Qeiyafa. Le site a été fouillé pendant sept saisons au total sous la direction du Dr Yosef Garfinkel de l'Université hébraïque et de Saar Ganor au nom des autorités israéliennes des antiquités; Michael G. Hasel de l'Université Adventiste du Sud a rejoint Garfinkel et Ganor pour les saisons de fouilles 2009-2011. Les fouilleurs ont proposé que le site soit identifié comme le site biblique de Sha'arayim, signifiant «deux portes», mentionné trois fois dans la Bible hébraïque (Josué 15:36, 1 Samuel 17:52, 1 …  Lire la suite

This thesis shows several theoretical improvements to the Phase Field Crystal (PFC) model. Among the new additions made to the existing model, extra terms that allow PFC to describe solid/liquid/vapour systems are added. The resulting theory uses only a single density field and remains consistent with classical density field theory. Pressure in the model is also investigated, as well as a method to control it and simulate pressure-driven phase transitions. In addition, a formalism to self-consistently derive coupled equations of PFC density and temperature is introduced. It yields a PFC model for non-uniform temperatures and includes local latent heat release …  Lire la suite

Les lacs de l’hémisphère nord ont vu leur concentration de carbone organique dissous (COD) augmenter dans les dernières quelques décennies. Cette augmentation en COD a un large éventail d’effets sur la productivité globale des lacs. Dans cette thèse, nous avons utilisé un lac entier pour tester les effets du COD sur la productivité des réseaux alimentaires lacustres, spécifiquement sur les communautés de poissons et de macroinvertébrés.Le premier chapitre de cette thèse se concentre sur les effets d’une augmentation de COD sur la productivité d’une population d’achigans à grande bouche. En effectuant une étude de type BACI (avant-après, témoin-impact), nous avons …  Lire la suite

Gostick, Jeff (Supervisor1)  Lire la suite

Les diagrammes de phase et les propriétés thermodynamiques du système Li2O-Na2O-MgO-CaO-Al2O3-SiO2 sont importants dans diverses applications industrielles et processus scientifiques et pour comprendre divers phénomènes minéralogiques. Ce système multicomposant, en tout ou en partie, a également été utilisé pour diverses applications en verre et en céramique. En effet, plusieurs phases contenant du Li2O forment des composants clés en tant que matériaux pour des céramiques nucléaires, prothèses en vitrocéramique et électrodes de semi-conducteurs pour des cellules électrochimiques. L'introduction de Li2O dans le système d’enduits conventionnels employés pour les moules peut réduire l'utilisation de fluorures nuisibles à l'environnement pendant le processus de …  Lire la suite

Sabok, Marcin (Internal/Cosupervisor2)  Lire la suite

Triple negative breast cancer (TNBC) is the most aggressive breast cancer subtype. Since TNBCs do not express the estrogen receptor and progesterone receptor, and lack protein overexpression or gene amplification of HER2, they cannot be treated with targeted therapy, and have poor responses to conventional chemotherapy. Emerging immunotherapies aiming to increase cytotoxic T-cell activity and prevent immune cell anergy have shown promising results in TNBC patients, mainly through targeting the CTLA4 and PD-1/PD-L1 immune checkpoints. PD-L1 is highly expressed in TNBCs compared to ER+ and HER2+ breast cancers, suggesting it may be a subtype specific oncogenic driver in TNBCs. Here, …  Lire la suite

System identification is the process of building dynamical models from measured data in order to determine and quantify the underlying relationships between them. Ideally, the resulting mathematical models ought to imitate precisely the observed behavior of the system under examination. In this doctoral dissertation, we focus on developing effective methodologies for quantifying dynamic interrelationships in physiological systems using parametric, nonparametric and connectionist approaches. Due to the complex nature of physiological functions, standard system identification methods, which usually assume linear and time-invariant interrelationships, fail. Thus, this work describes fast and reliable modeling schemes that are capable of dealing with (a) multiple …  Lire la suite

Parkinson's disease (PD) is a neurodegenerative disease characterized by the selective and progressive degeneration of dopaminergic neurons in the substantia nigra (SN). While the underlying cause of neurodegeneration is unknown, mitochondrial dysfunction has been identified as a potential cause of PD. Most PD cases are idiopathic, with familial forms accounting for less than ten percent of PD cases. Nevertheless, the identification of rare, inheritable variants of the disease has increased our understanding of PD etiology. More specifically, loss-of-function mutations in the PARK2 gene, which encodes the E3 ubiquitin (Ub)-ligase Parkin, have been linked to autosomal-recessive juvenile parkinsonism (ARJP). Parkin, along …  Lire la suite

Vacuum-bag-only (VBO) semipreg processing now produces flat panels and coupon-level parts with high-quality and performance. Still, the primary aim for the development of out-of-autoclave technologies remains the robust manufacturing of large, integrated parts such as primary aero-structures. To this end, the high-level of variability and defects present in VBO semipregs and processed complex-shape parts poses a key challenge, notably in terms of in-service reliability. In turn, load cases have become correspondingly complex resulting in critical out-of-plane components. To this end, improving the accuracy of through-the-thickness experimental test methods is vital to the determination of representative interlaminar strength allowables for structural …  Lire la suite

This thesis describes the textual syntax for the User Requirements Notation (URN), called TURN (Textual URN), and its transformation into the already existing graphical representation of URN. The main objective of TURN is to support the modeling of very large URN specifications where thousands of separate graphs or maps as distinct diagrams become unwieldy to navigate. In addition, the entering of large specifications in graphical tools has proven tedious, as the modeler must be concerned with layout issues that are unrelated to the information that is attempted to be modeled. In general, TURN offers an alternative input medium for URN …  Lire la suite

An object in the scene whose image appears to be in focus is said to lie within the depth of field. Objects outside this volume appear blurred in the image. The shape of this defocus blur depends on the aperture. For a symmetric aperture, defocus blur has the same shape on either side of the focus plane. A consequence of this is that Depth from Defocus (DFD) methods that estimate object depth from defocus blur run into a blur ambiguity problem with symmetric apertures. While some methods use multiple images to resolve this ambiguity, it is a computationally heavy process. …  Lire la suite

Les programmes de transferts conditionnels de fond (TCF) ont été implantés dans plusieurs pays d’Amérique latine, d’Afrique et d’Asie. Malgré leurs popularités, leurs impacts sur la santé des enfants sont très peu connus. Les revues systématiques de l’impact de TCFs sur la croissance et l’état nutritionnel des enfants ont trouvé des impacts de différents ordres de grandeurs et directions. Étant donné le nombre de participants et le montant d’argent dépensé pour ces programmes, il est important de mieux comprendre leurs impacts sur la santé des enfants.La longueur et la hauteur sont des variables de résultats populaires dans les études d’impact …  Lire la suite

Introduction: Après plusieurs décennies de recherche, nous comprenons maintenant qu'il existe une longue période de transition entre le vieillissement normal et le début de la démence. Les interventions préventives sont de plus en plus en amont que jamais auparavant. Des instruments de mesure fonctionnels et des marqueurs biologiques sont nécessaires pour mesurer des changements dans la phase précoce de la maladie d'Alzheimer (MA). Des études d'association utilisant l'imagerie cérébrale et le travail d'autopsie ont suggéré que des troubles d'identification des odeurs pourraient indiquer un trouble neurodégénératif sous-jacent comme la maladie d'Alzheimer. Ces observations nous ont poussés à utiliser l'identification des …  Lire la suite

Rousseau, Cecile (Internal/Cosupervisor2)  Lire la suite

To identify new proteins required for ephrin-B:EphB signaling, we conducted a BioID- based screen for novel EphB2 interactors. Among many hits, we found HD-PTP, a regulator of endosomal sorting complex transport (ESCRT) proteins and a tumour suppressor. Co- immunoprecipitation confirmed increased EphB2 – HD-PTP molecular complex in HEK293 cells stimulated with ephrin-B2. Also, HeLa cells overexpressing EphB2 show increased levels of HD-PTP protein and co-localisation of HD-PTP and EphB2. HeLa cells with decreased levels HD-PTP show a blunted collapse response to ephrin-B2 but are collapsed normally by Sema3A, indicating that HD-PTP is not involved in general chemotropic responses. HD-PTP mRNA …  Lire la suite

L'anomalie pré-sturtienne d'Islay est une excursion négative du δ13C qui a été documentée à l'échelle mondiale. Des travaux récents dans le nord du Canada et en Écosse ont suggéré qu'il pourrait y avoir deux anomalies négatives distinctes, une plus ancienne d'environ 739 Ma et une plus jeune d'environ 720 Ma, les deux étant attribuées à l'anomalie d'Islay. Cette étude se focalise sur la litho-chimio-stratigraphie du sous-groupe pré-sturtien Ugab du groupe Otavi situé dans le nord-ouest de la Namibie. Les données isotopiques de carbone des strates du sous-groupe Ugab exposées dans les monts Summas indiquent qu'elles sont plus anciennes que celles …  Lire la suite

Attenuated total reflectance Fourier transform infrared (ATR-FTIR) is a proposed method for in-depth identification and discrimination of the bacterial microorganisms. Comparing this method with other clinically available identification methods such as polymerase chain reaction (PCR), pulsed field gel electrophoresis (PFGE) and automated systems including the Vitek II identification system, ATR-FTIR requires little to no sample preparation, rapid acquisition times, no reagent needed, cost effective, and identification can be performed at various taxonomic levels ranging all the way down to the pathotype level. Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus and coagulase negative staphylococci (CoNS) are some of the most prevalent pathogens …  Lire la suite

Cette thèse examine les discours et pratiques d’organisations caritatives musulmanes en Inde. À la suite de seize mois de recherches ethnographiques menées en Uttar Pradesh, j’analyse comment les organisations caritatives musulmanes répondent aux enjeux liés à la marginalisation sociale et économique des Musulmans, une situation qui a récemment été soulevée par différents rapports gouvernementaux, dont le Sachar Committee Report (2006). Mes résultats de recherche mettent en lien les pratiques quotidiennes d’organisations musulmanes sunnites dans des quartiers défavorisés de Lucknow ainsi que leurs interventions humanitaires à Muzaffarnagar, faisant suite à des émeutes contre les musulmans qui ont forcé le déplacement de …  Lire la suite

In this thesis, a unique vocal fold perfusion bioreactor was designed, built and validated. The bioreactor uses airflow-induced self-oscillations, which produce mechanical loading and contact forces commensurate with human phonation. It was shown that the bioreactor supports cell culture and extracellular matrix production. Many scaffold materials were found to degrade in the bioreactor due to the phonation-induced biomechanical stimulations as well as biochemical reactions with the cell culture medium. The second goal of this study was to develop and characterize an injectable biomaterial, which is biocompatible, biodegradable, mechanically stable under dynamic mechanical stimulations, with a half-life of more than one …  Lire la suite

Gupta, Indra (Internal/Supervisor)  Lire la suite

This dissertation analyses the increasing popularity of international volunteerism among young people who travel abroad, primarily to locations in the Global South, to work and learn in developing communities. Drawing on ethnographic fieldwork including qualitative interviews and participation observation undertaken in three popular volunteer sites in Peru (Lima, Cusco/Sacred Valley and Ancash) as well as the analysis of key documents like websites, social media, training manuals and recruitment materials like pamphlets, catalogues and fliers, I demonstrate that volunteers commonly come to understand their experiences not only as an opportunity to help others, but to also personally benefit from experiences that …  Lire la suite

Regeneration of adult skeletal muscle depends on rare skeletal muscle stem cells (MuSCs) that reside in a quiescent state underneath the basal lamina of the myofibre. The study, manipulation and use of MuSCs for cell-based therapies is hindered by their scarcity and the inability to expand them ex vivo under current culture conditions. We have shown that a general repression of translation, mediated by the phosphorylation of translation initiation factor eIF2α at serine 51 (P-eIF2α), is essential for maintenance of MuSC quiescence and self-renewal. MuSCs unable to phosphorylate eIF2α exit quiescence, activate the myogenic program and contribute to muscle differentiation, …  Lire la suite

Crocker, Anne (Internal/Cosupervisor2)  Lire la suite

Des études antérieures ont révélé que les apprenants en classe de français langue seconde (L2) bénéficiaient d'un enseignement centré sur la forme (ECF) ciblant une conscientisation morphologique de la terminaison des noms, c'est-à-dire les indices sublexicaux, dans l'acquisition des genres grammaticaux en français. Les travaux précédents, cependant, ont fait ressortir que les apprenants en classe de français L2 développaient une stratégie de prononciation ambigüe des articles, utilisant une forme hybride entre 'un' et 'une' et entre 'le' et 'la'. Afin que les apprenants en français L2 démontrent la compétence souhaitée pour le genre grammatical, cette étude formule ainsi l'hypothèse que …  Lire la suite

Le glioblastome (GBM) est la plus agressive tumeur cérébrale primaire maligne. Malgré un traitement optimal, qui consiste à une résection maximale de la tumeur, combiné de la chimiothérapie (témozolomide) et de la radiothérapie, le GBM demeure mortel. Ces tumeurs contiennent différents types de cellules dont une minorité est composée de cellules souches cancéreuses (CSG). Il a été suggéré que ces cellules sont responsables de la propagation et de la récidive de la tumeur. Ces cellules souches montrent une ressemblance aux cellules souches neurales normaux en ce qui concerne l'expression de certains marqueurs et de leurs caractéristiques fonctionnelles telles que la …  Lire la suite

Riches, Caroline Joan (Internal/Supervisor)  Lire la suite

La sclérose en plaques (SEP) est une maladie chronique auto-immune, inflammatoire et démyélinisante du système nerveux central. Les patients atteints de SEP souffrent de lésions inflammatoires dans le cerveau, de dégénérescence neuro-axiale et d'atrophie cérébrale; Ces pathologies se manifestent comme des épisodes de rechutes, de déficiences cognitives et de progression du handicap. l’immunosuppression suivie d’une greffe de cellules souches hématopoïétiques autologues (aHSCT) est une approche de traitement qui repose sur l'idée qu'une abrogation complète de l'ancien système immunitaire autorréactif et la reconstitution d'un nouveau système immunitaire autonome entraînera une rémission prolongée de l'activité de la maladie de SEP. L'aHSCT peut …  Lire la suite

This thesis describes and applies a new method for mass processing satellite images and creating land cover classifications. The first part of the thesis shows that modifying Bayesian Updating of Land cover Classification (BULC) [1] allows for a coarse scale classification to be downscaled to the resolution of Landsat 5 satellite images. This was demonstrated in an area of 2 x 105 km2 (166 km x 121 km) in the area of Mato Grosso, Brazil. The method uses the GlobCover 2009 classification as a reference classification to compare unsupervised classifications created from the Landsat 5 satellite images called BULC- unsupervised …  Lire la suite

Hilke, Michael (Internal/Supervisor)  Lire la suite

Les publications universitaires sont un outil important afin de permettre aux étudiants d'apprendre à transmettre leurs idées. En ce sens, la rétroaction des enseignants sur les travaux écrits des étudiants joue un rôle majeur pour guider les étudiants et améliorer la qualité de leur apprentissage. Selon les prémices que la rétroaction des enseignants est un processus interactif, il est important de considérer la rétroaction des enseignants selon deux points de vue: celui de l'instructeur, en tant que donneur de rétroaction, et celui de l'étudiant, en tant que receveur de rétroaction. Investiguer la rétroaction des enseignants dans des classes multiculturels et …  Lire la suite

Près de vingt ans après leur apparition en Amérique latine, les programmes de transferts monétaires conditionnels (TMC) sont la source d'une abondante recherche, laquelle s'intéresse surtout aux effets des TMC sur la population bénéficiaire. Ce faisant, l'autre côté de la médaille, soit les effets des TMC sur les ministères qui les développent, demeure largement ignoré. Alors que la littérature est prompte à souligner les innovations qu'apportent ces programmes dans les techniques de gestion, aucune recherche empirique n'a été menée pour vérifier empiriquement ces affirmations. La présente recherche répond à ce besoin en menant des entrevues avec 27 décideurs politiques et …  Lire la suite

Warburton, Andreas (Internal/Cosupervisor2)  Lire la suite

A high proportion of oranges grown are used to manufacture juice and marmalade wherein about 50% of oranges are wasted. This orange waste needs to be treated appropriately to avoid the potential environmental issues and economic loss. Traditional treatment methods of orange waste are achieved by landfill, incineration, composting and in animal feed. Although these applications are the most straightforward among others, it is a low value-added method and can cause environmental pollution. Biorefinery treatment methods (e.g. extraction, microbial conversion and physical/chemical modification) have been developed to improve the value of products and reduce the environmental risks. However, there are …  Lire la suite