McGill University Theses and dissertations published in 2013

Human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) is a small retrovirus that highly depends on the host cell machinery to replicate by completing its lifecycle and producing new infectious viral particles. The complexity of HIV-1 life cycle regulation only reflects the diversity of the virus-host interactions. Cellular helicases are enzymes involved in every step of nucleic acid metabolism, through rearranging ribonucleoprotein complexes. The understanding and the importance of helicases in HIV-1 replication started to emerge a decade ago. Since then, many studies reported the promoting or inhibiting effect of this protein family on HIV-1. My thesis project was to investigate the …  Read more

La possibilité de décoder précisément et fidèlement l'intention de mouvement à partir de l'activité cérébrale d'un patient est nécessaire au développement d'une prothèse cognitive neurale optimale qui puisse subvenir aux besoins de patients atteints d'une dysfonction du système moteur. L'utilisation de matrices de microélectrodes implantables pour échantillonner l'activité neuronale mène souvent à un biais spatial dans la représentation directionnelle des neurones prélevés en raison du petit sous-ensemble de neurones qui peut être simultanément capturés par les microélectrodes. Plusieurs études utilisant des interfaces cerveau-machine (ICM) ont rapporté que l'activité neuronale corticale est dynamique suite au contrôle d'un périphérique externe. Dans cette …  Read more

La reproduction sexuée et la production subséquente de graines viables peuvent faciliter la dispersion d'espèces végétales indigènes ou non indigènes/envahissantes dans de nouvelles régions ainsi que possiblement une adaptation rapide à des conditions changeantes grâce à la sélection de phénotypes appropriés. Le succès de la reproduction sexuée pour de nombreuses espèces végétales a été lié à une accumulation critique de degrés-jours de croissance (DJCs) durant la saison. Cependant les DJCs sont souvent limités dans les climats nordiques. Avec les changements climatiques et les températures qui augmenteront particulièrement vers le nord, le DJCs sont susceptibles d'augmenter et des espèces actuellement limitées …  Read more

Breast cancer is a heterogeneous disease, but is invariably associated with genome wide deregulation of transcription. The silencing of tumor suppressor genes (TSGs) in particular is thought to be an early, initiating event in many cancers. While re-expressing these genes is a clinically relevant goal, the development of therapeutics targeting the reactivation of TSGs has been hampered by a lack of understanding of the mechanisms responsible for TSG silencing. Recently, however, we have described a novel means through which several TSGs become silenced in cancer, which may highlight new therapeutic targets. This involves the epigenetic regulatory factor Ctcf which is …  Read more

In order to solve the high demand problem for high data load in communication between data centers, a multi-plane optical interconnection network architecture (RODIN) is suggested for optical interconnection networks [1], in which the scalability and energy-efficiency are emphasized. Since semiconductor optical amplifiers (SOAs) act as energy-proportional routing gate, a dynamic model of SOA is developed to investigate the SOA cascadability and how it will affect the optical signal and communication system performance. The SOA dynamic model is based on the steady-state wideband SOA Connelly model [2], which is chosen due to the precise calculation of material gain from quantum …  Read more

Scavone, Gary (Internal/Supervisor)  Read more

La protéine multifonctionnelle E4orf4 de l'adénovirus de type 5 régule la transcription et l'épissage viral. L'activité de E4orf4 est assurée par son interaction avec la protéine phosphatase 2A (PP2A). Le complexe E4orf4/PP2A déphosphoryle certaines phosphoprotéines, comme le facteur d'épissage SR (riche en arginines et en sérines) et le facteur de transcription AP1. Cependant, les mécanismes de régulation d'expression génique pendant la réplication virale qui sont contrôlés par E4orf4 et ses partenaires restent inconnus. Au cours de cette étude, l'utilisation de la technique d'immunoprécipitation et de spectrométrie de masse nous a permis d'identifier des nouvelles protéines qui interagissent avec E4orf4, en …  Read more

La duplication des centrosomes est couplé à la division cellulaire afin qu'elle n'ait lieu qu'une seule fois par cycle cellulaire. Cependant, lors de certains contextes développementaux, ce couplage n'a pas lieu et ceci reste mal compris à ce jour. Chez C. elegans, alors que les cellules hypodermales et intestinales font de l'endo-replication, les cellules souches germinales sortent de la mitose pour entrer en méiose. L'utilisation de ces différents modèles cellulaires, nous permet de mieux comprendre comment la duplication des centrosomes est dans la plupart des cas intimement couplée au cycle cellulaire, et d'étudier les mécanismes où la duplication des centrioles …  Read more

Heinrich Schenker's analytical essays in Das Meisterwerk in der Musik and Der Tonwille demonstrate a prescriptive and analytically-biased approach to performance. His critical editions and personally-annotated scores reveal a similar approach, where only the universal structure of a piece—attained through analysis and a consideration of the composer's intentions—should inform performance. Schenker's restrictions on the performer's agency and personal interpretation stand opposed to current scholarship, where a reciprocal and equal relationship between performers and analysts is central. In order to ameliorate this disjuncture, this thesis negotiates between Schenker's polemics and performers' interpretive freedom through the shared concept of ambiguity. Since an …  Read more

Voués à limiter les risques d'incendies, les retardateurs de flammes bromés (BFRs) sont des composés dotés de propriétés physicochimiques qui réduisent l'inflammabilité d'une large gamme de produits de consommation. Relargués dans l'environnement, les BFRs s'accrochent aux particules de poussière d'où résulte une contamination par les BFRs, s'effectuant principalement par ingestion. Un accroissement important de la charge corporelle en BFRs suscitent une inquiétude majeure en raison de leur persistance dans l'environnement et de leurs propriétés lipophiliques et bioaccumulables.En effet, des taux élevés en BFRs détectés chez l'humain ont été associé à une perturbation du système endocrinien, du développement des organes reproducteurs …  Read more

Prasher, Shiv (Supervisor1)  Read more

This thesis explores the concept of festivalization as it applies to the situation in Montréal, with particular attention to the domain of everyday life. As cities around the world find themselves pressed to respond to economic troubles by developing continuous events, festivals, and other cultural tourism attractions, scholarly examinations have begun to address this phenomenon as "festivalization." However, many studies tend to view contemporary urban festivals as mostly over commercialized, spectacular, and inauthentic, and by extension festivalization as an erosion of a pre-existing everyday life. In response, I argue for the importance of understanding the ways in which festivals participate …  Read more

Modern agriculture has led to fundamental changes in the phosphorus (P) cycle that pose agronomic and environmental challenges at all scales. Phosphorus is a non-renewable resource that is critical to food production because of its role as an essential plant nutrient. At the same time, P runoff from agricultural systems contributes to water quality degradation worldwide. Recent research has begun to illuminate the dimensions of P use in agriculture and its broader sustainability implications, yet there is limited understanding of how these disparate issues are connected across scales. In this thesis, I explore important knowledge gaps related to spatial and …  Read more

Ralph Adams Cram (1863–1942) was among the rare Gothicists who practiced both Gothic architecture and literature. He designed several Gothic-Revival churches and campuses across North America, and he wrote a book of Gothic ghost stories in 1895, calling the collection Black Spirits and White. Traditionally, scholars have assumed that the discourses of modern, Anglo-Gothic architecture and literature parted company after the 1830s. Scholars have based that assumption on two interrelated arguments. First, the Victorian Gothic novel evolved beyond the distinctly medieval; whereas, Victorian Gothic architects became rigorously attentive to structural and cultural principles of the Middle Ages. Second, and more …  Read more

My dissertation sheds light on multilayered experiences of identity in an indigenous, Yucatec Maya community where both deaf and hearing persons use sign language. Owing to the history of Spanish colonialism in this region, and as a result of state approaches which see deafness as pathology, the peoples of Chican acquiesce to assumptions about their identity without necessarily emulating these assertions within community life. At the time I carried out fieldwork, identity assertions in Chican appeared to be reactive, therefore ephemeral, rather than based on some inherent essentialized quality. This was the case for deaf members of the community, and …  Read more

L'utilisation du Système de positionnement par satellites (GNSS) pour la navigation aérienne offre de nombreux avantages à l'aviation puisqu'il est en mesure de réduire les itinéraires, d'économiser de l'essence et de diminuer les émissions de gaz à effet de serre. Il constitue également une aide à la navigation plus flexible et plus précise qui améliore les opérations de vol à des moments critiques tels que l'approche, l'atterrissage, et le décollage. Cependant, le signal GNSS pourrait être défectueux. Dépendamment du moment de la défaillance du signal, celle-là pourrait causer un accident. Ainsi donc, la responsabilité des fournisseurs de services de navigation …  Read more

Les martyrs de Lyon et Vienne est un martyrologe chrétien du deuxième siècle. Parmi les victimes rapportées dans cette lettre, une femme esclave, nommée Blandina, semble avoir un rôle marquant. Ce mémoire analyse la manière dont l'auteur se sert de Blandina comme instrument de rhétorique dans le but de communiquer son idée de martyre à son auditoire. Une image autoritaire et genrée s'impose à chaque fois que Blandina fait son apparition dans l'amphithéâtre. Chaque métamorphose (athlète, le Christ, et mère) possède les qualités nécessaires pour incarner l'identité du martyr idéal. Puisque Blandina illustre les trois personnages, elle est l'exemple d'un …  Read more

Ragep, Faiz (Internal/Cosupervisor2)  Read more

This thesis offers analyses of two of Michael Haneke's most provocative films, *Funny Games US,* and *The Piano Teacher.* Contrary to the popular critical conclusion that Haneke is a cinematic sadist, this thesis argues that the aesthetics and thematic concerns of his films are best understood through the dynamics of masochism, not sadism. Using a variety of theories of masochism, including the conflicting theories of Sigmund Freud and Gilles Deleuze, this project seeks to build upon the work of Gaylyn Studlar and argue for the subversive power inherent in masochistic submission in the cinema.  Read more

Zellweger spectrum disorder (ZSD) is due to defects in any one of 13 PEX proteins, encoded by PEX genes, which are required for peroxisome biogenesis. ZSD features neurologic, hepatic and renal abnormalities; however, one common mutation, PEX1-p.Gly843Asp (G843D), confers a milder phenotype and represents 30% of all ZSD alleles. Thus, identifying treatments for this allele will benefit many patients. We recently showed that PEX1-G843D behaves as a misfolded protein amendable to improved function by chemical and pharmacologic chaperones. In a small molecule screen, we reported recovery of peroxisomal matrix enzyme import by acacetin diacetate, a flavonoid that may bind to …  Read more

Species diversity patterns of high elevation grassland Diptera (Brachycera) were assessed to determine the community structure, species turnover, and species abundance patterns along a latitudinal gradient. Fieldwork took place in May 2008 in the Appalachian Mountains of North Carolina and June-July 2010 in the Rocky Mountains at sites in Colorado, Wyoming, and Alberta. Two spatial scales were used: sample area and site. There was a slight latitudinal turnover of species, with latitude, longitude, and elevation being the most strongly associated with species composition. All sites were significantly different except the two sites in Alberta. Close proximity and site similarity may …  Read more

Currently, effective treatment strategies for patients with severe chronic obstructive pulmonary disease (COPD) are limited. A widely used treatment method is exercise rehabilitation, which has a multitude of benefits on quality of life, improving exercise tolerance and decreasing hospitalizations. However, patients with more severe cases of COPD are unable to train at exercise intensities high enough to significantly improve disease-related skeletal muscle abnormalities such as losses in muscle mass and strength. Our group has recently shown the feasibility and safety of an eccentric (ECC) cycle training intervention in COPD as an alternative modality that can load the muscle four times …  Read more

The lack of access to clean electricity and water in developing nations has given importance to the development of low-cost, widely applicable energy technologies. Microbial fuel cells are being explored as potential sources of clean electricity. A microbial fuel cell (MFC) is a device, in which bacteria produce electrons by oxidizing organic material, which are shuttled from the anode to the cathode, producing a current; the only byproducts of this process are respiratory waste in the form of water and carbon dioxide. Although significant advances have been made in optimizing MFCs for power output, power outputs are not always reproducible, …  Read more

Schlimm, Dirk (Supervisor2)  Read more

Tissue cohesion is achieved in part by a large family of plasma membrane-bound cell adhesion molecules (CAMs). During morphogenesis, CAM-mediated interactions provide adhesive forces required for cells to aggregate and form tissues. CAM-mediated adhesions in developing cells are highly dynamic, which provides the fluidity required for cellular movements that drive morphogenesis. Xenopus laevis gastrulation is an established model to study morphogenetic movements. During this phase of development, the mesoderm moves inside the embryo through involution, and migrates along the inner surface of the ectoderm while remaining separated from this tissue. Members of the Fagotto lab have identified the Xenopus orthologue …  Read more

Un système de détection utilisant un micro-lévier fut adapté pour caractériser l'effet photomécanique dans des couches mince de polymères contenant de l'azobenzène sur des micro-lévier fabriqués de silicium et mica. L'effet photomécanique est défini comme un changement réversible de la forme moléculaire lors de l'absorption de la lumière, ce qui entraîne une déformation importante mécanique macroscopique du matériel. Ce capteur a été utilisé pour calculer la flexion du micro-lévier, les changements dans la tension de surface, l'énergie photomécanique, l'efficacité du système et l'énergie capté par unité de volume pour les polymères PDR1A, PDR13A et PMMA-co-PDR1A basé sur les chromophores DR1 …  Read more

Hori, G (Supervisor2)  Read more

Stix, John (Internal/Cosupervisor2)  Read more

Soybean, Glycine max, (L.) Merr., is usually covered in trichomes and has three leaflets per compound leaf. Two mutant soybean cultivars, one without trichomes, cv. Glabrous, and the other with five leaflets per compound leaf, cv. 5-LF, are compared with a wild type cultivar to detect gene expression differences. Trichomes develop and differentiate from the epidermis and the fate of leaves, whether they are compound or simple, is decided in the meristem. Cell-specific gene expression of the epidermis as compared to the meristem is investigated in the three cultivars using Laser Capture Microdissection and high-throughput RNA sequencing. The results indicate …  Read more

Les unités lithologiques dominantes de la ceinture de roches vertes de Nuvvuagittuq (nord-est de la province du Supérieur, au Canada) sont composées de roches mafiques au faciès à amphibolite (ici appelée l'unité d'Ujaraaluk). D'un âge minimum de 3,8 Ga et qui pourrait atteindre 4,3 Ga, ces roches sont parmi les plus anciennes sur terre. La ceinture de roches vertes de Nuvvuagittuq se trouve dans la partie occidentale du terrane de la Baie d'Hudson, dont le dernier épisode de métamorphisme généralisé remonte à environ 2,7 Ga. L'étude pétrographique et géochimique de l'unité d'Ujaraaluk révèle deux types de roches distinctes, à savoir …  Read more

This is a qualitative study which aims to uncover the effects of literacy acquisition on adult women in Egypt from their perspective. The author conducted focus groups with current learners, graduates and educators associated with the Freiran-based, Caritas Egypt Adult Basic Literacy Program. All participants were adult female and mostly from the lower socio-economic class residing in Assiut and Alexandria, Egypt. Writings by learners and graduates were also examined. Findings include the following: the second year learners and graduates mastered reading and writing and continued using it on a daily basis. Most reported improved self-perception and assertiveness. The women were …  Read more

Saroyan, Alenoush (Internal/Supervisor)  Read more

Understanding and quantifying fluid flow patterns and the permeability architecture of fault zones is crucial for petroleum development, the safety of nuclear waste repositories, and water resource management. Fault zones have complex permeability patterns that lead to faults acting as hydraulic barriers, conduits, or combined conduit-barriers. How faults affect groundwater flow at a regional scale (1-10km) is especially uncertain. The objective of this work is to determine whether faults affect regional patterns of groundwater discharge to lakes. We use naturally occurring geochemical tracers to quantify the groundwater discharge to lakes underlain by faults and not underlain by faults, and used …  Read more

The thesis project focuses on the development of a novel, non-viral nanoparticle formulation for delivery of nucleic acids, drugs and other molecules. These nanoparticles were developed with an aim to administer the therapeutic molecules, non-invasively, to the targeted diseased tissue. The current thesis illustrates the design, characterization and optimization of the nanoparticles. The design of this novel nanoparticle formulation involves a series of chemical reactions on a parent polymer, chitosan, which is a cationic, biocompatible and biodegradable in nature. Chitosan was then surface graphed with another hydrophilic polymer called polyethylene glycol (PEG). PEG was used as a linker to further …  Read more

Inhibitors of translation have proven invaluable in delineating the overall mechanism of protein synthesis. Unlike inhibitors of prokaryotic protein synthesis, the therapeutic development of drugs that directly interfere in the eukaryotic mRNA translation for treatment of human disease has remained largely unexplored. To begin to investigate this possibility and expand the current repertoire of compounds that affect eukaryotic translation, we have undertaken several different experimental screening approaches, two of which are described below and will form the basis of this thesis. In chapter 2, we performed a multiplexed high-throughput chemical screen to identify novel inhibitors of eukaryotic protein synthesis. We …  Read more

Les réponses à de nombreuses questions neurologiques clés requièrent la capacité de livraison localisée de produits chimiques/médicaments dans la culture de tranches de tissus cellulaires / cerveau avec l'imagerie optique à haute résolution concomitante. La sonde microfluidique (MFP) offre la capacité de distribution localisée de produits chimiques / médicaments. Cependant, dans sa conception et sa mise en œuvre actuelle, la MFP est incompatible avec les systèmes de microscope droit et donc incompatible avec la microscopie à haute résolution ou les objectifs sont immergés dans de l'eau, qui est nécessaire pour l'acquisition d'images de petites caractéristiques morphologiques telles que des dendrites …  Read more

La planification des transports au 20e siècle a été principalement fondée sur l'objectif de la mobilité : les systèmes de transport ont été vus avant tout comme un moyen sécuritaire, rapide et efficace de mettre en réseau des personnes et de transporter des marchandises. Cependant, au fil du siècle, les mouvements culturels, sociétaux et écologiques ont peu à peu changé la façon dont les planificateurs perçoivent le transport en général et le transport en commun spécifiquement. Plusieurs préoccupations se chevauchant ont profondément modifié le rôle que les urbanistes et les élus attribuent au transport et à l'aménagement du territoire. La …  Read more

Élever un enfant ayant un trouble du développement comprend des défis supplémentaires par rapport aux faiblesses uniques de l'enfant. Ceux-ci peuvent profondément affecter le bien-être du parent. Cette étude chercha à évaluer une gamme de domaines du fonctionnement de l'enfant, ainsi que les stratégies d'adaptation des parents, pour déterminer quelles caractéristiques influent le plus sur la santé mentale du parent. L'hypothèse émise avança que les parents ayant un enfant avec des troubles de comportement, des faiblesses sociales, et un fonctionnement adaptatif inférieur démontreront plus de dépression, d'anxiété, et d'hostilité (une mesure de la colère et de l'agressivité). De même, il …  Read more

Roussos G Dimitrakopoulos (Internal/Supervisor)  Read more

Wykes, Linda J. (Internal/Supervisor)  Read more

Cockell, Kevin (Supervisor2)  Read more

The maximization of mining project discounted cash flows by defining the best sequence of extraction of underground materials requires understanding the availability of uncertain metal quantities throughout the deposit. This thesis proposes two versions of a stochastic integer programming formulation based on surfaces to address the optimization of life-of-mine production scheduling, whereby the supply of metal is uncertain and described by a set of equally probable simulated orebody models. The first version of the proposed formulation maximizes discounted cash flows, controls risk of deviating from production targets and is implemented sequentially, facilitating production scheduling for relatively large mineral deposits. Applications …  Read more

The human immunodeficiency virus type-1 (HIV-1) is an epidemic affecting approximately 34 million people worldwide. The HIV-1 enzyme reverse transcriptase (RT) plays an essential role in the viral replication cycle by catalyzing the conversion of HIV-1's single-stranded RNA genome into double- stranded DNA. RT is highly dynamic and possesses both DNA polymerase and ribonuclease H activities. While the biologically relevant form of RT is a heterodimeric enzyme consisting of a 66 kDa subunit (p66) and a 51 kDa subunit (p51) (i.e., p66-p51), both p66-p66 and p51-51 homodimers are also catalytically active. Currently, over half of the clinically approved drugs to …  Read more

The 1812 version of Dominique Vivant Denon's libertine tale Point de lendemain is generally considered to be the second edition of his 1777 original. It is the most frequently published version, cited as the more accomplished one, without particular consideration of the differences between the two versions. However, in 1812 Denon rewrote the tale in an entirely different social, historical and political context, and its significance is thus completely distinct. Furthermore, Denon modified certain aspects of the text, and these changes prove to be significant when analyzed in light of the new historical context. This thesis examines both versions and …  Read more

Mise en contexte: Peu d'études se sont penchées sur les événements indésirables mineurs après les coloscopies électives et elles sont limitées par des potentiels biais de rappel. Objectifs : Estimer le taux d'événements indésirables mineurs à 2, 14 et 30 jours après des coloscopies électives et évaluer les taux d'utilisation de services de soins de santé et d'absentéisme au travail causés par ces événements. Méthodes : Une étude longitudinale de cohorte avec suivi à 2, 14 et 30 jours a été menée au site de l'Hôpital Général de Montréal du Centre de Santé Universitaire McGill avec des patients ayant eu …  Read more

Millien, Virginie (Internal/Supervisor)  Read more

Au cours des dernières années, les éoliennes à base de génératrice asynchrone à double alimentation (DFIG) connectées à des réseaux de distribution rurale représentent une tendance émergente en croissance. Le niveau de pénétration plus élevé d'énergie éolienne présente des avantages intéressants (i.e. écrêtement des pointes, la réduction de la congestion, la réduction des pertes, etc.) mais il soulève d'importantes questions liées à la qualité de l'énergie livrée aux consommateurs. Cette thèse étudie les limites techniques liées à l'intégration des grands parcs éoliens dans les réseaux de distribution existants au niveau du scintillement. Cette thèse comprend, premièrement, une vue d'ensemble des …  Read more

Only scarce data exist about the nutrient intake and diet quality of subjects suffering from chronic pain as well as the effects of dietary nutrients on pain severity. We assessed nutrient intake adequacy of 79 patients with chronic pain and examined possible dietary correlates of pain levels (visual analog scale).Usual dietary intakes were estimated from three 24-h food recalls and compared to the US-Canadian Dietary Reference Intakes and with those of a healthy population of the same age and sex (Canadian Community Health Survey 2.2.). Intakes of many nutrients (notably vitamins D, E, K and potassium) were below Estimated Average …  Read more

Dans cette thèse, l'auteur adopte une perspective « polanyienne » afin de répondre aux questions suivantes: (a) Quelle est l'architecture de la gouvernance mondiale aux changements climatiques, et (b) Que peut-on faire pour améliorer sa performance? Une revue de la littérature montre que l'architecture mondiale est nettement « polycentrique. » Cela veut dire qu'elle est constituée des initiatives diverses qui sont publiques, privées et hybrides ; qui sont indépendantes ou interconnectées à plusieurs échelles et juridictions ; et qui sont régis par des acteurs associés avec, mais aussi externe à, la Convention-Cadre des Nations Unies sur les Changements Climatiques (CCNUCC). …  Read more

Un matériau en treillis est une structure cellulaire avec une disposition périodique de cellules en deux ou en trois dimensions. Ces structures sont utilisées dans plusieurs applications, y compris les électrodes de la batterie, isolateurs de vibration, panneaux ultra légers en sandwich et implants biomédicaux. Cette thèse met l'accent sur la conception de réseaux plans pour des matériaux ayant une microarchitecture et pour les dispositifs médicaux. Dans plusieurs applications, la résistance d'un matériau en treillis se dégrade dans les conditions de chargement cycliques. Dans cette thèse une méthode numérique basée sur la mécanique de calcul est proposé afin d'analyser et …  Read more