McGill University Theses and dissertations published in 2018

La bronchopneumopathie chronique obstructive (BPCO) est une maladie respiratoire grave caractérisée par une obstruction lente et progressive des voies aériennes entrainant une gêne respiratoire. La BPCO débute par une inflammation chronique dans les poumons due à une augmentation de nombre des cellules immunitaires et de l’expression de cytokines inflammatoires (ex : l'interleukine-8 (IL-8) et la cyclooxygénase-2 (COX-2)). Dans cette étude nous avons voulu étudier si une protéine nommée antigène humain R (HuR), connue d’avoir un rôle inflammatoire, est impliquée dans le développement de la BPCO. HuR est une protéine qui se lie à l'ARN messager (ARNm) et augment sa stabilité …  Read more

Phan Ha-Nam Nguyen (Internal/Cosupervisor2)  Read more

Mongeau, Luc (Internal/Cosupervisor2)  Read more

Lachapelle, Kevin J (Internal/Supervisor)  Read more

Le travail poursuivi ici peut être divisé en deux (2) sujets principaux – Pes deux sort des capteurs à la fois compatibles CMOS, à base de membrane, et des capteurs et actionneurs micro-électromécaniques (MEMS). La température maximale autorisée a été fixée à 300oC, afin de faciliter l'intégration monolithique CMOS.Le premier sujet a consisté à concevoir un processus pour construire des capteurs de pression absolue capacitifs amorphes en carbure de silicium (a-SiC) et en polysilicium pour des lectures de moyenne à haute pression. Notre équipe de recherche à l'Université McGill a essayé plus tôt de fabriquer une membrane pour l'emballage et …  Read more

Introduction:Colorectal cancer (CRC) is the third most common cancer worldwide. CRC liver metastases (CRCLM) is a significant clinical problem. Untreated, patients will survive for a few months only. Three CRCLM histopathological growth patterns (HGP) have been identified: 1) the desmoplastic, in which, tumors grow by neoangiogenesis with no direct contact between the tumor cells and hepatocytes 2) the pushing, in which liver cell plates are pushed aside by the growing tumor and 3) the replacement, where tumors grow by co-opting the normal hepatic vessels and the tumor cells display infiltrating pattern by replacing parenchymal cells in the liver plates. Patients …  Read more

Carlo, Santaguida, (Internal/Cosupervisor2)  Read more

Purpose: Prostate cancer (PCa) is among leading causes of cancer deaths in North America. To date, androgen-deprivation therapy (ADT) is the gold standard treatment for patients with biochemical recurrence (BCR) after radical prostatectomy or radiation therapy. However, ADT invariably fails and is followed by castration resistance (CRPC) and further progression of the disease. The host lab study on signaling through the Fer tyrosine kinase in PCa has led to the identification of the androgen receptor (AR) as a Fer substrate, activated by phosphorylation on the tyrosine (Y) 223 residue, a step followed by the accumulation of Fer and activated AR …  Read more

Adenocarcinoma of the proximal stomach is the fastest rising malignancy in North America,and is associated with a high rate of recurrence to the peritoneum. As part of cancer treatment,the majority of patients undergo at least one invasive surgical procedure. Recent clinicaldata has linked postoperative infection complications with adverse oncologic outcomes;however, the underlying mechanisms are unclear. Emerging evidence suggests that duringinfection the release of TNFα, a key inflammatory cytokine facilitates cancer progression.The role and mechanisms of gram-negative bacterial infections in facilitating the metastaticpotential of gastric cancer to the peritoneum is unknown. We hypothesized that incubation ofgastric cancer cells or peritoneal MCs …  Read more

Gamification is a new concept in education, defined as the use of game-based mechanics and game thinking to engage students, motivate action, and promote learning. In this study, gamification was integrated with classroom formative assessment and produced via technology to investigate its potential to enhance motivation and learning of vocabulary as opposed to traditional paper-based formative assessment methods. As of yet, there is not much research comparing the effectiveness of technology game-based formative assessment (GBFA) and paper-based formative assessment (PBFA) to promote vocabulary learning and motivation inside second language (L2) classrooms. This study investigated whether technology GBFA can improve vocabulary …  Read more

The Large Hadron Collider (LHC) will be upgraded in 2024-26 to increase its beam intensity by a factor of up to 7 from its original design value. To cope with increased interaction rates and radiation exposure at this new High Luminosity LHC (HL-LHC), upgrades to multiple ATLAS detector subsystems are planned to take place alongside those to the LHC's accelerator chain. In this context, a re-design of the Hadronic End-Cap (HEC) calorimeter's electronic readout chain is required in order to maintain its energy reconstruction performance at the HL-LHC. The HEC readout electronics was implemented in a simulation framework capable of …  Read more

Les conseils nutritionnels des campagnes de santé publique qui se retrouvent dans les médias traditionnels, dans des contextes éducationnels, dans les articles de nouvelles, et dans une panoplie d’autres sources, font circuler un discours quantitatif relatant à l’alimentation et la nourriture provenant de la science nutritionnelle du début du 20ième siècle. Cette approche descendante, qui ‘traduit’ ce qu’est la nutrition et offre un outil de mesure de l’alimentation et ses effets sur le corps, est critiquée comme étant abstraite et difficile à mettre en pratique. Ce qui a pour effet de créer un environnement nutritionnel déconcertant où le consommateur désemparé …  Read more

Inspired by the knot abundance on biopolymers such as extracted DNA from phage capsids, DNA in nanofluidic systems and proteins, we introduce a knot factory on-chip based on hydrodynamic compression of single T4 DNA molecules against barriers in nanochannels. The proposed method provides an efficient way to form knots on DNA under compression and detects the independently evolving knots during the relaxation process following the compression. We observe that knotting probability increases with pressure as well as with the waiting time in the compressed state. Moreover, we develop a free energy formalism derived from scaling arguments, which describes our experimental …  Read more

Whereas high-frequency waves are valid solutions to the Boussinesq equations in certain limits, their amplitudes are generally observed to be small in large-scale atmospheric and oceanic data. Traditionally, this has led to the development of balance models, reducing the dynamics to only the slow subset. Their solutions, however, can spontaneously generate imbalance in the context of the full equations. To study this phenomenon, we perform high-resolution turbulence simulations of the non-hydrostatic Boussinesq equations, starting with a high-order nonlinearly balanced initial condition. To produce this initial condition, we employ the nonlinear normal mode initialization scheme that was introduced by Baer and …  Read more

This thesis aims to examine liposomes generation in microfluidic systems. As such, it presents the continuous flow formation by two dimensional hydrodynamic flow focusing (2D HFF) of nano-sized liposomes in microfluidic channels. Using our platform, different lipid size particles are generated by altering the flow rates and flow rate ratios of two miscible fluids; a central stream of DPPC (1,2-dipalmitoyl-sn-glycero-3-phosphocholine) lipids in ethanol and an aqueous buffer. The effect of varying both the lipid composition and flow parameters for the synthesis of DPPC nano-sized liposomes within our platformwas assessed with regards to size, concentration, charge and polydispersity of the resulting …  Read more

Wetlands and floodplains play an important role in a myriad of environmental services including flood and drought protection, water provision for humans and agriculture, sustainment of fisheries, water quality regulation, carbon storage, and habitat provision for a multitude of species. As a result of these important services, changes to inundated areas can have major socioeconomic and environmental consequences. In addition to continued anthropogenic degradation, global climate change is expected to pose an increasingly large threat to wetlands and floodplains in the coming century. Despite their importance, the fate of wetlands and floodplains under climate change is poorly understood at large …  Read more

Machelle Wilchesky (Internal/Supervisor)  Read more

In the second half of the twentieth century, the concept of “performativity” came to play a leading role in academic discourse in the philosophy of language, deconstruction, queer and gender studies, art theory, and performance studies. Most recently, it has taken centre stage in the emerging interdisciplinary field of performance philosophy. Despite its ubiquity, however, performativity remains enigmatic. Accounting for the capacity of speech to bring about the action that it designates, and the processes through which identities are enacted, and meaning is produced, the concept lies somewhere in the tensions among language, embodiment, and action. As such, it is …  Read more

Ford, James (Internal/Supervisor)  Read more

Peter Siegel (Supervisor2)  Read more

De nombreux patients admis dans l'unité de soins intensifs voient leur niveau de mobilité diminuer, ce qui peut avoir des effets physiologiques préjudiciables sur plusieurs systèmes corporels. La mobilisation précoce est une intervention qui réduit le niveau d'immobilité pendant une maladie grave. Il a été prouvé que la mobilisation précoce est associée à plus de jours sans ventilateur, des soins intensifs de courte durée ainsi que la durée d'hospitalisation, l'amélioration de l'état fonctionnel et une meilleure qualité de vie après la sortie de l'hôpital. Cependant, la mise en œuvre de la mobilisation précoce n'est pas sans défis. L'objectif global de …  Read more

Over the years, the richness of human computer interaction has greatly evolved. As a result, it is now possible to command a computer, phone, or watch using natural language. Recently, the idea of having a text-based conversation with a machine became more feasible. This is in particular due to modern developments in Deep Learning, a quickly growing area of research in the field of Artificial Intelligence that has achieved impressive results in various applications such as conversational intelligence.Current dialog systems are able to understand our queries and do simple tasks such as listing the news, obtaining the weather or playing …  Read more

Episodic memory encompasses an extraordinary range of diverse cognitive functions that are integral to daily functioning. Healthy aging is associated with declines in episodic memory, which may impair older adults' ability to remember the rich contextual details of previously experienced events. By the age of sixty, older individuals may have a reduced ability to remember spatial or temporal contextual features of past events (e.g., where or when you last took a prescription medication). Previous studies have focused on understanding the anatomical and functional neural correlates of episodic memory decline in young and older adulthood, but how these underlying mechanisms contribute …  Read more

Le cumul de glace en vol sur les surfaces d'avions pose des conditions extrêmement dangereuses. La diminution de l'angle de décrochage, l'augmentation de la traînée et l'ingestion de glace peuvent causer des incidents ainsi que des accidents mortels. Des méthodes de simulation numérique ont été mises au point récemment pour prévoir la formation de glace sur les ailes des aéronefs, ce qui facilite la conception des systèmes d'antigivrage. Cependant, les simulations d'accrétion de glace sur les hélicoptères trainent de l'arrière. Par exemple, aux meilleures connaissances de l'auteur, une méthode complète d'analyse de la trajectoire des blocs de glace pour les …  Read more

Chondrogenesis is critical for the healing of fractured bones. After an initial inflammation stage, a "soft callus" composed of chondrocytes bridges the injury site, to be later mineralized and substituted by bone. When studying bone healing in mice deficient for Cyp24a1, which cannot synthesize the vitamin D metabolite, 24,25(OH)2D3, a significant and reproducible impairment in callus formation is observed. We used callus tissue of Cyp24a1 knockout mice to clone Fam57b2 (Family with sequence similarity 57, member B), which encodes a transmembrane protein that specifically interacts with 24,25(OH)2D3. Previous work from our laboratory revealed 24,25(OH)2D3-dependent production of lactosylceramide (LacCer) by FAM57B2. …  Read more

Multiple sclerosis (MS) is one of the most disabling neurological conditions affecting young adults. MS is becoming more common in Saudi Arabia where specialized health services are still being developed. Many people with MS in Saudi Arabia look for help where they can and risk getting information from unreliable sources. In such a context, self-management would be crucial for reducing the impact of MS. Success at self-management requires acknowledging the specific problems, recognizing that solutions are possible, and contextualizing self-management for the individuals within their culture.This PhD thesis aims at setting a roadmap to aid in the translation of knowledge …  Read more

Nicolau, Belinda Farias (Supervisor1)  Read more

Zellweger spectrum disorder (ZSD) usually results from biallelic mutations in PEX genes required for peroxisome biogenesis. PEX1-G843D is a common hypomorphic allele associated with milder disease. We previously showed that fibroblasts from patients with a PEX1-G843D allele recovered peroxisome functions when cultured with the nonspecific chaperone betaine and flavonoid acacetin diacetate. To identify more effective flavonoids for preclinical trials, we compared 54 flavonoids using our cell-based peroxisomal assays. Diosmetin showed the most promising combination of potency and efficacy; co-treatments of diosmetin and betaine showed the most robust additive effects. This was confirmed by 5 independent assays in primary PEX1-G843D patient …  Read more

Menard, Lucie (Supervisor2)  Read more

Patricia N Tonin (Supervisor2)  Read more

La plupart des codes du bâtiment récents proposent des équations empiriques pour le calcul des charges sismiques sur les éléments non-structuraux, basées sur la pratique et le jugement d'experts plutôt que l'étude objective des observations expérimentales et des analyses. Cette thèse propose une nouvelle approche de conception pour pallier ces problèmes avec une méthode qui permet de générer des spectres de réponse de planchers directement à partir des spectres uniformes d'aléas sismiques prescrits dans les codes du bâtiment. En fait, ces spectres de planchers sont les outils de base pour l'analyse sismique des éléments non-structuraux au même titre que les …  Read more

Thomas, David (Internal/Cosupervisor2)  Read more

Ooi, Boon-Teck (Internal/Cosupervisor2)  Read more

Endometriosis is a debilitating condition that affects over 10% of women and is characterized by the presence of endometrial tissue outside the uterus, most often in the pelvic cavity. It is thought to arise through retrograde menstruation where endometrial tissue is displaced into the peritoneal cavity where it implants and develops into lesions that can cause inflammation, tissue scarring, and it can subsequently result in pelvic pain in response to estrogen cycling. Although this disease affects a large number of women and impacts their quality of life, its underlying molecular mechanisms are not understood. Wnt signaling plays a role in …  Read more

Le micro-usinage au laser femtoseconde (fs) est une méthode de texturation de surface sans contact qui peut créer des structures à rugosité hiérarchique (micrométrique et nanométrique à la fois). Tandis que les structures induites par les lasers fs ont été amplement étudiées sur les métaux, très peu de publications se sont intéressées à leur formation sur les surfaces de polymères. Récemment, il a été démontré que l'irradiation fs d'une surface de poly(tétrafluoroethylène) entraîne la formation d'une structure poreuse de grande surface. Une telle structure peut être avantageuse dans plusieurs applications comme les matériaux auto-nettoyants et les implants biomédicaux. Cependant, on …  Read more

The near-tropopause energy spectrum obeys a -5/3 power law at mesoscales. Some theories accommodating this fact assume ageostrophic dynamics but ignore the abrupt stratification jump characterizing the tropopause. Alternatively, it has also been proposed that the mesoscale spectrum results from tropopause-altered geostrophic turbulence. This thesis investigates the respective roles of the stratification jump and of ageostrophic dynamics in shaping the near-tropopause flow. To do so, a numerical model is constructed that integrates the non-hydrostatic Boussinesq equations in the presence of an arbitrary stratification profile. Decaying turbulence simulations are performed over a wide range of Rossby numbers both with and without …  Read more

Le besoin de développer des méthodes d'optimisation distribuées est nécessaire dans des applications pratiques impliquant le traitement de données naturellement distribuées, privées, ou simplement trop grandes à stocker sur une seule machine. Au cours de la dernière décennie, un grand nombre d'algorithmes distribués ont été trouveés pour résoudre des problèmes d'optimisation convexe à grande échelle, en particulier pour les systèmes multi-agents. Même si les algorithmes avec des propriétés théoriques les plus souhaitables sont connus, beaucoup d'analyses théoriques ignorent des problèmes pratiques importants, tels que l'asynchronisme et les délais de communication. Par conséquent, il arrive souvent que ces algorithmes ayant des …  Read more

« Mar Maroun », pour chœur de chambre, flute traversière et deux percussionnistes, dépeint un parcours du passé vers le présent par le développement musical de chants traditionnels Syro-Maronite. Ceux-ci sont transformés avec le temps par des techniques mélodiques et également influencés par la musique électroacoustique à l'intérieur d'un cheminement à grand-échelle de hauteurs définis vers des progressions de bruits, façonnant également les interactions à petite-échelle, surtout avec l'utilisation de techniques vocales sans hauteurs définies. Les instruments utilisés dans la pièce font références à des pratiques musicales provenant du quatrième siècle et à d'autres influences culturelles ; la musique Maronite …  Read more

Lewitus and colleagues (2016) determined that microglial tumor necrosis factor alpha (TNFα) acts as a compensatory mechanism to limit some of the behavioural changes induced by chronic cocaine. By using a TLR4 agonist to induce cytokine production in microglia, they found that microglial activation suppresses the expression of cocaine-induced psychomotor sensitization. However, this model entails passive drug taking; examining voluntary cocaine use is more clinically relevant, as it is a hallmark symptom of addiction. In the first chapter, we hypothesized that a TLR4 agonist would reduce the motivation to self-administer cocaine. The first part of the study determined a non-toxic …  Read more

La puissance des phénomènes de variation aléatoire et sélection naturelle dans les mécanismes d’adaptions d’organismes à leur milieu a maintenant été largement documentée à plusieurs niveaux phénotypiques distincts. Le long cou des girafes, la morphogenèse des vaisseaux sanguins, la compartimentation des cellules, ou même le repliement des protéines thermophiles comptent parmi les exemples les plus fréquents. De telles propriétés phénotypiques peuvent être classées comme des optimisations du support matériel.Dans cette thèse, nous nous intéressons sur les phénomènes d’adaptations `logicielles'. Les réseaux d’interaction moléculaire peuvent être représentés par des graphes dont les nœuds et les arêtes représentent respectivement des gènes et …  Read more

Ce mémoire de maîtrise examine les représentations visuelles et linguistiques de l'identité personnelle par une analyse comparative du portrait cubiste du marchand d'art Daniel-Henry Kahnweiler peint par Pablo Picasso (1910) et du portrait littéraire du Picasso écrit par Gertrude Stein (1909). En particulier, j'examine comment Picasso et Stein ont traité le genre du portrait au début du vingtième siècle et comment cela démontre que le concept même de l'identité a été entendu en tant que fluide et dépendant de pratiques sociales et culturelles. Dans le premier volet, un apercu de l'histoire du portrait dans la tradition européenne démontre comment Kahnweiler …  Read more

Many climate models predict future rapid sea ice declines in the Arctic. These events are linked with anomalous northward Ocean Heat Transport (OHT). Using the Community Earth System Model Large Ensemble (CESM-LE), we find that the partitioning of the poleward OHT between the different gates of the Arctic (Barents Sea Opening (BSO), Fram Strait or Bering Strait) is key to this link with the rapid declines. In total, 64 of the 79 rapid declines in CESM-LE are linked with anomalous OHT. The interaction between OHT and sea ice happens mainly over continental shelves. The Bering Strait OHT is linked to …  Read more

Les relations interpersonnelles occupent une place importante au cœur de nos vies. Cependant, maintenir des relations significatives, satisfaisantes et durables peut s'avérer un réel défi. En effet, nous devons souvent affronter des situations difficiles et faire des sacrifices afin de les maintenir. Or, certaines personnes perçoivent leur relation comme une partie importante de qui elles sont. Cette représentation constitue une force motivationnelle importante qui favorise l'engagement de ces individus envers la relation en situation d'adversité. Malgré son importance, les raisons pour lesquelles les individus viennent à développer un fort sentiment d'identification à l'endroit d'une relation demeurent largement méconnues. Plusieurs théories …  Read more

Lefsrud, Mark (Supervisor1)  Read more

Cette thèse traite du concept de justice sociale en urbanisme, sur la manière dont la justice sociale est négociée dans les projets de réaménagement urbain et sur les acteurs, stratégies et facteurs qui contribuent à la création de réaménagements plus justes. Les études de cas portent sur des réaménagements de sites riverains, des lieux où agissent d’importantes forces économiques, sociales, culturelles et environnementales. Les réaménagements de sites riverains peuvent favoriser la justice sociale et environnementale en intégrant des espaces publics de haute qualité et en offrant une plus grande proximité à la nature. Mais ils accueillent souvent des aménagements urbains …  Read more

Protein tyrosine phosphatase -PEST (PTP-PEST, PTPN12) is a cytosolic ubiquitous protein, which in addition to its PTP domains, contains five proline-rich motifs allowing its interaction with various protein complexes. PTP-PEST plays a multidimensional regulatory role in cellular motility, morphology and adhesion via its association with different substrates to control actin organization during focal adhesion turnover and formation of membrane protrusions. As recent reports showed ambivalent roles of PTP-PEST in cancers, including pancreatic cancer, and with the increasing number of PTP-PEST binding proteins, we hypothesize that distinct PTP-PEST protein complexes are at the origin of its cellular functions. Hence, we aimed …  Read more

Benedetti, Andrea (Cosupervisor2)  Read more

ContexteLes analyses d’utilité de coûts (AUC) ont jouées un rôle des plus important dans l’évaluation des technologies de la santé, incluant les différentes procédures chirurgicales.. Le QALY peut être déterminé par des études cliniques randomisées. Cependant, compter uniquement sur les études cliniques randomisées comme outil pour l’évaluation économique n’est pas suffisant pour fournir des données adéquates sur les soins de santé aux preneurs de décision. Une autre méthode utilisée pour obtenir le QALY est la cohorte modèle. Toutefois, jusqu’à maintenant, les cohortes modèles ont uniquement été utilisées pour comparer des procédures chirurgicales dans un même domaine chirurgical. De plus, les …  Read more

The central research question this thesis addresses is the following: In cases where the state is weak, to what extent do sectarian identities explain the diverging and often converging objectives and strategies of various sectarian militant groups vying for political power and territorial control? In order to answer this question, this study focuses on the case of contemporary Iraq. The main argument of this thesis is that sectarian identities alone play little role in defining and determining the political objectives and military strategies pursued by various sectarian affiliated groups. I argue instead that it is the motivation of greed, which …  Read more

Les instabilités spatio-temporelles d’un front de combustion gaz/solide, ainsi que motifs résultants, sont examinés dans le cadre des instabilités de la diffusion thermo-massique, dans des milieux continus et hétérogènes. Dans nos simulations numériques, en utilisant un nouvel algorithme de maillage adaptatif, nous atteignons des tailles de systèmes expérimentaux. À notre connaissance, c’est le premier travail où de telles méthodes sont appliquées à cette nouvelle classe de modèles de combustion à gaz/solide.Nous introduisons un modèle mathématique unifié appelé “modèle principal” pour décrire la combustion des particules de combustible en métal dans le gaz oxydant, en fonction des paramètres physiques du problème …  Read more