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2023 — Assessment of Cell type Annotation Tools of Single Cell RNA Sequencing DataAbstract
L'identification et la caractérisation des profils d'expression génétique des types de cellules dans les tissus normaux et pathologiques sont cruciales pour comprendre les processus biologiques et les mécanismes pathologiques. Le séquençage de l'ARN à l'échelle d'une cellule (scRNA-seq) fournit des profils d'expression génétique à résolution cellulaire, ce qui permet d'annoter les populations cellulaires en fonction de ces profils. Traditionnellement, l'annotation du type de cellule était effectuée en évaluant l'expression de gènes marqueurs canoniques. Récemment, divers outils d'annotation basés sur l'apprentissage automatique ont été développés pour déduire automatiquement les identités de type cellulaire dans de nouveaux échantillons à partir d'ensembles de … Read more
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2022 — Pyrolysis of Miscanthus: process optimization and life cycle assessmentAbstract
L'utilisation de carbone (C) fossile à des fins de chauffage dans des régions froides comme le Québec (Canada) constitue une menace majeure pour l'environnement à long terme. La culture du Miscanthus sur des terres marginales fournit une source de C biogénique qui peut être utilisée pour produire de la bioénergie et des bioproduits, remplaçant les sources de C fossile. Par exemple, le Miscanthus peut être utilisé comme intrant pour la pyrolyse, qui est un procédé de conversion thermochimique de la biomasse à haute température en l'absence d'oxygène, produisant un solide (biochar), un liquide (bio-huile et phase aqueuse) et des gaz … Read more
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2022 — Three-dimensional understanding through two-dimensional observationAbstract
La perception de la profondeur est essentielle à la survie de l'homme et de nombreuses autres espèces. Elle nous permet de localiser des objets et d'interagir avec le monde qui nous entoure. La recherche dans le domaine de l'intelligence artificielle et de la robotique se poursuit afin de tenter de doter les machines de la capacité à percevoir la profondeur. De nombreuses approches ont été proposées à ce jour, les plus récentes utilisant la puissance des réseaux de neurones profonds et l'apprentissage non supervisé. Cependant, ces méthodes présupposent généralement un monde statique. Cela a produit d'excellents résultats, mais a également … Read more
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2012 — NOD2 mediates innate and adaptive immunity to «Mycobacterium avium paratuberculosis»Abstract
Mycobactérium avium paratuberculosis (MAP) est l'agent causal de la paratuberculose, une entérite granulomateuse chronique chez les ruminants. MAP a été spécifiquement et significativement associé à la maladie de Crohn, une entérite chez les humains qui est semblable à la paratuberculose. Alors que ces observations ne prouvent pas une causalité entre la bactérie MAP et la maladie de Crohn, elles ont potentialisé des investigations dans le but de déterminer si les gènes reliés à la maladie de Crohn jouent un rôle lors d'une infection à MAP. Spécifiquement, nous sommes intéressés au gène NOD2. NOD2 fait partie de la famille des récepteurs … Read more
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2014 — Principles of statistical chemodetection in heterogeneous, intermittent environmentsAbstract
La plupart des récent travaux théoriques concernant la détection chimique dans un contexte biologique se concentrent sur des environnements ne contenant qu’un seul type de molécule. Or, plusieurs systèmes biologiques possèdent des récepteurs ayant la possibilité de se lier à plusieurs molécules différentes avec une affinité substantielle, même si un seul type de molécule (la mole ́cule dite “correcte”) doit en fait être détectée. Dans ces cas, les mécanismes d’augmentation de la spécificité, comme la relecture cinétique (kinetic proof-reading), ont depuis longtemps été reconnus comme facilitant la détection. Toutefois, la performance de la relecture cinétique est habituellement analysée pour des … Read more
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2016 — Expression of ionotropic glutamate receptors in neocortical microcircuitsAbstract
La transmission synaptique, mais aussi le développement et la réorganisation constante des circuits nerveux, ou plasticité synaptique, dépendent de la composition en récepteurs et canaux ioniques des éléments pré et postsynaptiques. Notamment, au niveau des connexions entre neurones excitateurs les récepteurs NMDA jouent un rôle fondamental dans l'induction de la plasticité à long terme, qui elle même sous-tend théoriquement l'apprentissage et la mémoire en permettant l'entrée de calcium dans la cellule postsynaptique, activant une cascade de signalisation aboutissant au renforcement de la connexion. Etant donné que les récepteurs NMDA sont ouverts lors de la combinaison d'une dépolarisation postsynaptique et de … Read more
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2020 — Topics in cosmic string phenomenology and string cosmologyAbstract
Dans cette thèse, nous explorons certains impacts des cordes cosmiques et de la théorie des cordes sur la cosmologie primordiale. Notre travail est effectué deux parties. Premièrement, nous étudions comment les cordes cosmiques produisent des particules chargées qui peuvent, en émettant un rayonnement électromagnétique, partiellement ioniser l'hydrogène neutre lors de le prériode de l'univers précédant l'âge de la réionisation. Nous concluons que les corrections à la fraction d'ionisation de l'hydrogène neutre induite par les cordes cosmiques conduisent à de nouvelles contraintes sur la tension des cordes autour de $ G \mu \sim 10 ^ {- 16} - 10 ^ {- … Read more
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2025 — Topics in matrix cosmologyAbstract
La cosmologie à gaz de cordes est un scénario dans lequel l'univers est initialement décrit par les propriétés thermiques d'un gaz de cordes. Bien que ce scénario conduise à de nombreuses prédictions intéressantes, telles que l'émergence d’un universe à trois dimensions et un spectre de perturbations cosmologiques invariant d’échelle, une description complète de ce scenario n’a toujours pas été formulée. Dans cette thèse, qui contient cinq articles publiés, nous faisons des progrès vers une description complete du scénario à gas de cordes en considérant la théorie des matrices comme description potentielle. En particulier, nous examinons les modèles BFSS et IKKT, … Read more
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2019 — Le legs politique et éthique du Testament de Philippe Fortin de La Hoguette:de la transparence à l'honnête dissimulationAbstract
Le «Testament» de Philippe Fortin de La Hoguette est une œuvre qui se caractérise par une recherche de l'harmonie entre l'homme et le monde. Dans une série de conseils légués à la postérité, La Hoguette expose comment concilier les dimensions publique et privée de l'existence humaine en suivant l'ordre de la nature, afin de mettre fin aux conflits civils et religieux de la France du dix-septième siècle. La solution consisterait à privilégier en toutes occasions la participation à la vie publique et à favoriser une éthique de la sincérité ou de la transparence grâce à laquelle l'intériorité de l'homme ne … Read more
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1995 — Impact of a 6-month parent-implemented behavioral intervention for children with developmental language delays of unknown etiologyAbstract
Des jeunes garçons présentant des retards de langage sans étiologie connue et leurs parents ont été étudies dans ce projet. Dans la première partie, les enfants ayant des retards de langage ont été compares à un groupe contrôle constitue de garçons normaux du même âge, afin d'investiguer les corrélatifs comportementaux des retards de langage. Compare au groupe contrôle, les enfants ayant des retards de langage furent décrits par leurs parents comme manifestant plus de problèmes de comportements intériorises et extériorises. De plus, ils se montrèrent moins coopératifs pour de simples requêtes maternelles sur une tache standardisée. Les groupes étaient semblables … Read more
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2020 — Contrasting the effects of schematically related versus unrelated interference on complex, episodic memoriesAbstract
La mémoire épisodique repose à la fois sur l'accès aux détails spécifiques d'un événement et sur l'accès aux connaissances sémantiques. Une forme de connaissance sémantique, les schémas, peuvent influencer la raison et la manière dont certains détails liés aux souvenirs épisodiques sont oubliés tandis que d'autres sont préservés. Cette enquête a tester comment la congruence entre un schéma et les détails liés une mémoire change leur susceptibilité à être oublier lorsque ces informations interférentes sont liées ou non liées à cette mémoire. Après avoir encodé des vidéos, les participants ont été exposés à une pause au cours de laquelle ils … Read more
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2025 — The episodic memory system supports memory for choice: Assessing the behavioural and neural consequencesAbstract
La façon dont un choix est mémorisé est aussi importante que le choix lui-même. Pourtant, notre compréhension des raisons pour lesquelles certains éléments d'une décision sont mémorisés et d'autres oubliés reste incomplète. La similarité conceptuelle entre les options peut influencer la prise de décision et la mémorisation. En adoptant une perspective relationnelle de la mémoire épisodique, cette thèse explore comment nous faisons et mémorisons nos choix via la similarité des options. J’ai examiné si elle modifie la mémoire des options choisies et non choisies, influence leur représentation cérébrale et impacte les choix futurs basés sur ces souvenirs. Le chapitre 1 … Read more
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2022 — Purple martin (Progne subis) movement ecology during three stages of the annual cycleAbstract
Les insectivores aériens sont en déclin au Canada. Il existe plusieurs causes possibles, mais l’importance de ces facteurs ainsi que le facteur principal de ce déclin est encore inconnu. L’hirondelle noire (Progne subis) est l’espèce d’hirondelle la plus grande en Amérique du Nord. Elle niche en Amérique du Nord, du sud du Canada au Mexique et hiverne en Amérique du Sud, principalement au Brésil. L’hirondelle noire est une espèce coloniale. Elle niche en grand nombre et utilise principalement des nichoirs artificiels. Ma thèse a pour but d’étudier les deux périodes importantes dans le cycle annuel de l’hirondelle noire pour mieux … Read more
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2025 — Ecological listening: Human-nonhuman encounters at the threshold of perception in contemporary Eco-ArtAbstract
Face à l’intensification du changement climatique et de la dégradation environnementale, les artistes contemporains invitent de plus en plus leurs publics à écouter. Ils produisent des œuvres qui mettent de l’avant des phénomènes difficilement perceptibles tels que la pollution sonore sous-marine et partagent des histoires d’extinction et de toxicité qui pourraient autrement passer inaperçues. Ils engagent les auditeurs à écouter les voix imaginées d’animaux en voie de disparition et d’îles douées de sentience, ainsi que les murmures de la violence anthropocentrique et ses réseaux de complicité. Cette thèse étudie comment des œuvres produites au cours de la dernière décennie, en … Read more
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2012 — Modulation of lipid homeostasis during synaptic remodelling and plasticity in response to brain injuryAbstract
Le but de cette recherche consiste à étudier les effets d'une lésion du cortex entorhinal (LEC) sur l'expression des gènes directement impliqués dans le transport et la mobilisation du cholestérol durant la phase de dégénérescence et la réinnervation synaptique qui s'en suit. Les résultats obtenus montrent que l'apolipoprotéine E (APOE), le transporteur ATP-binding cassette type A1 (ABCA1) et type G1 (ABCG1) jouent un rôle prépondérant dans la phase de réinnervation. De plus, nos résultats concernant l'ABCA7, le plus récent facteur génétique identifié pour la forme commune de la maladie d'Alzheimer, suggère une participation active durant la phase de dégénérescence suite … Read more
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1982 — Bone Grafting: A Comparative Analysis of Vascularized and Non Vascularized AutograftsAbstract
Nous avons mené des études de perfusion vasculaire, de marquage à la tétracycline, de scintigraphie osseuse au technitium99 et d'histologie pour comparer les greffes costales conventionelles, avec ou sans périoste, aux greffes costales nourries par implantation du paquet vasculaire, par ilot dermique et par anastomose microvasculaire des vaisseaux nourriciers du greffon dans le chien. Nos résultats indiquent que: 1) La vasculature des greffons costaux postérieurs microvascularisés est identique à celle des cotes normales. 2)Les implants du paquet vasculaire demeurent perméables et revascularisent les greffes osseuses. 3) la scintigraphie au technitium99 est un reflet précis de la circulation dans les greffons … Read more
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2011 — The application of next-generation sequencing technologies: from Mendelian diseases to cancerAbstract
Le domaine d'informatique médicale avance primordialement grâce aux développements technologiques. Durant les années récentes, le « séquençage de nouvelle-génération » (SNG) a émergé comme un moyen abordable et rapide pour le séquençage à grande échelle. Cette technologie possède une grande précision, avec une résolution au niveau d'une seule base d'ADN, générant plusieurs gigabases d'information. Comme toutes innovations technologiques, des développements et améliorations des logiciels analytiques sont essentiels, en particulier pour extraire avec précision les informations pertinentes à partir de ces grands ensembles de données. Dans cette thèse, nous explorons deux applications de SNG à la santé humaine: le séquençage de … Read more
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2014 — The hyperspectral determination of Sphagnum water content in a bogAbstract
Le contenu d'eau des sphaignes est important pour le fonctionnement des tourbières ombrotrophes, suite aux fortes capacités de rétention d'eau dans ces espèces, la domination de ses espèces dans les tourbières ombrotrophes, et l'importance d'eau dans la régulation de la photosynthèse. L'efficacité des "Spectral Vegetation Indices" (SVIs) dérivée des données hyperspectrales permet une modélisation efficace du contenu d'eau gravimétrique des sphaignes sur de grands échelons. Cependant, l'efficacité des SVIs dans ce contexte a été rarement examinée. Cette étude examine si un modèle linéaire reliant un SVI au contenu d'eau gravimétrique des sphaignes (i.e. S. capillifolium, S. magellanicum, S. angustifolium/S. fallax, … Read more