McGill University Theses and dissertations published in 2014

Yates, Robin (Supervisor2)  Read more

La plupart des récent travaux théoriques concernant la détection chimique dans un contexte biologique se concentrent sur des environnements ne contenant qu’un seul type de molécule. Or, plusieurs systèmes biologiques possèdent des récepteurs ayant la possibilité de se lier à plusieurs molécules différentes avec une affinité substantielle, même si un seul type de molécule (la mole ́cule dite “correcte”) doit en fait être détectée. Dans ces cas, les mécanismes d’augmentation de la spécificité, comme la relecture cinétique (kinetic proof-reading), ont depuis longtemps été reconnus comme facilitant la détection. Toutefois, la performance de la relecture cinétique est habituellement analysée pour des …  Read more

Moore, Timothy R (Internal/Cosupervisor2)  Read more

Greer, Charles William (Internal/Cosupervisor2)  Read more

The study of prenatal hypoxia using chick embryos has benefited our understanding of the physiology behind prenatal hypoxic responses, but also has unharnessed potential for illuminating brain mechanisms orchestrating these responses. Therefore, the aim of this project is to perform a comprehensive examination of the effects of hypoxia on brain activity of late-gestation chick embryos, as measured by cFos expression, a marker of neural activation. Immunohistochemistry was performed on brain sections taken from Embryonic day (E)18 chick embryos (hatching occurs at E19-E21) that had been subjected to 4 hours of either normoxia (21% O2), mild hypoxia (15% O2), or medium …  Read more

Christoffersen, Peter (Supervisor2)  Read more

Brophy, James (Internal/Supervisor)  Read more

Lilly, Michael (Supervisor2)  Read more

La polilla de Madrid is a composition for chamber ensemble that is based upon a direct translation from text to music of the homonymous short play by Francisco de Quevedo (1580-1645). Using several translation techniques, I have produced an aural version of this play, a wordless chamber opera retaining the dialogic structure of the original, while transfiguring its characters and situations into the sonic plane. As the piece develops, the ensemble – comprised of flute, oboe, clarinet in B-flat, baritone saxophone in E-flat, cello, percussion, guitar, and piano – divides itself into various sub-groupings to portray specific characters, each possessing …  Read more

Traitement sensoriel précis de l'environnement est une fonction essentielle pour tout organisme de survivre. Afin d'accomplir ces neurones doivent être spécialement réglés pour répondre au mieux aux stimuli pertinents dans leur environnement. Un moyen efficace de coder efficacement l'information est pour les neurones à adapter leurs réponses à des stimuli provenant de différents contextes de comportement. Neuromodulateurs comme la sérotonine (5-HT) sont pensés pour aider à la médiation de ces adaptations. Le système 5 -HT a été bien conservé à travers l'évolution des vertébrés, ce qui suggère que sa fonction a également été conservée. En Apteronotus leptorhynchus, un des poissons …  Read more

Nave, Jean-Christophe (Supervisor2)  Read more

Coulombe, Benoit (Supervisor2)  Read more

Les médias ont des effets directs et indirects sur les politiques. À différents moments, les médias peuvent participer à la création et à la diffusion de politiques, tout comme ils peuvent éclaircir le processus d'élaboration de ces politiques. Le rôle des médias dans ce processus, surtout par rapport à leur capacité d'influer sur les décideurs de façon directe, d'avancer systématiquement des politiques de rechange ou d'influencer l'opinion publique, est reconnu dans la littérature spécialisée. Toutefois, on y aborde rarement un autre rôle fondamental des médias, qui est celui de nous faire comprendre le processus de création de politiques. Pour le …  Read more

Detecting groups of vehicles traveling together as a convoy is an important problem in military and law enforcement applications. License plate recognition sensors are an emerging technology which can be used to solve this problem. The sensors are deployed throughout road networks across the world and meta-data about the vehicles passing in front of each sensor is collected. These provide discrete, irregularly sampled, time series information about where vehicles are traveling. This thesis proposes a method to solve the problem of detecting convoys utilizing irregularly sampled time series information about objects moving between sensors. The system presented in this thesis …  Read more

Stickhandling tasks in ice hockey are varied, making quantitative analysis difficult. Thus little data concerning the kinematic movement patterns are available. This study examined one controlled task commonly used in training development (puck cycling through a “figure-8” route about two static obstacles) to address how skill level and the inertial properties of the stick might influence a repetitive stickhandling task. Twenty-seven male subjects were recruited in order to evaluate the difference between skill level and stick inertial condition. A 3D optoelectric motion capture system was used to record the movements of the puck and stick. Though two techniques were expected …  Read more

The Lost Hammer (LH) spring, located on Axel Heiberg Island in the Canadian High Arctic, is the coldest and saltiest terrestrial spring discovered to date. It is characterized by perennial discharges of subzero temperatures (-5°C), hypersalinity (24% salinity), along with reducing (≈-165 mV), microoxic, and oligotrophic conditions. It is rich in sulfates (10.0% w/w), dissolved H2S/sulfides (up to 25 ppm), ammonia (≈381 μM), and methane (11.1 g d-1). The LH spring system contains the outlet and the outflow channel. In the initial study of the LH channel sediment, the results determined the microbial abundance by using fluorescent microscopy in the …  Read more

Crawford, John E. (Internal/Cosupervisor2)  Read more

Low frequency radio astronomy is experiencing a renaissance due to advances in computing power and efficiency. New instruments are being designed and built to take advantage of this. An introduction is given to radio astronomy. The physical mechanisms of radio emission are explained. The measurement of radio waves is discussed, particularly in regard to the properties and advantages of interferometric arrays. Two modern instruments currently being deployed and tested are described, with particular attention paid to their calibration techniques. These instruments are the Murchison Widefield Array (MWA) in Western Australia and the Low Frequency Array (LOFAR) in Europe, with most …  Read more

Fil rouge est un diptyque comprenant Rouge, pour quatuor de saxophones, et Infrarouge pour quintette mixte. Nous situons ce projet esthétique au carrefour des pensées de John Dewey, Richard Shusterman et Gilles Deleuze dans l'optique d'un art conçu comme expérience. Ce cadre philosophique nous aide à mieux comprendre ce que peut être une approche expérientielle de la musique, notamment en termes de « logique de la sensation », ainsi qu'à positionner notre démarche dans le contexte de la musique de concert. Dans un second temps, la sémiotique figurale deleuzienne alimentera significativement notre paradigme compositionnel. À ce titre, Fil rouge repose …  Read more

Bien que l'on ait observé que la rétroaction corrective (RC) s'avère un moyen efficace d'améliorer la prononciation dans la production orale en langue seconde (L2), il existe peu d'études empiriques portant sur ses effets sur la perception de la parole en L2. La présente étude a été conçue pour explorer (a) dans quelle mesure un enseignement avec et sans RC influe sur l'exactitude de la perception chez les apprenants de L2 par et (b) les raisons des effets des traitements différents. Trente-deux participants coréens, répartis en deux groupes, l'un avec enseignement sans RC et le second avec RC, ont suivi …  Read more

Determining the magnetic structures of lanthanide intermetallic compounds is of crucial importance in understanding the nature of interactions within these materials. Two commonly used techniques for determining magnetic structures are powder neutron diffraction and Mössbauer spectroscopy. These two techniques are particularly difficult to apply in the case of gadolinium-containing intermetallic compounds due to the large neutron absorption cross section of natural Gd and to the large line overlap observed in 155Gd Mössbauer spectroscopy.In this work we show that it is possible, with proper analysis of crystallographic symmetries and high quality data, to determine the magnetic structures of Gd-intermetallic compounds. Three …  Read more

We study lattices arising from ideals in cyclotomic fields. We begin with some general theory about lattices. We introduce certain important lattices, namely the root lattices and the Niemeier lattices. We then describe how to obtain lattices using ideals in number fields and we determine some of their basic properties. We continue our study by specializing to cyclotomic fields. We determine all the root lattices and all the Niemeier lattices that are similar to ideals in cyclotomic fields as well as all the cyclotomic fields in which they can be obtained. We give many examples and even a few examples …  Read more

Cette thèse présente un nouveau procédé de synthèse de nanotubes de carbone décorés de nanoparticules de zinc et oxyde de zinc. Le procédé combine la condensation d'un aérosol pour la synthèse de nanoparticules avec le traitement des particules en vol dans une décharge luminescente par radiofréquence. Cette méthode facilite le dépôt de nanoparticules sur ces surfaces nanostructurées telles que des nanotubes de carbone formés directement sur des substrats en acier inoxydable dans le cas présent. La conception, la construction et l'optimisation des processus sont décrits. Une vitesse de dépôt maximale de 500 nm/min a été observée lorsque les couches de …  Read more

This thesis studies some consequences of including massless higher spin fields to gravitational theories with a cosmological constant, in three and four dimensions. We first review the construction of higher spin gravity theories in Anti-de Sitter (AdS) and de Sitter (dS) spacetimes. We use these theories to both test and expand the holographic duality known as the AdS/CFT correspondence. This duality relates the bulk gravity to a conformal field theory (CFT) on the asymptotic boundary of the spacetime. We then analyze the matter content of the three-dimensional theories, and present an argument to single out a higher spin structure in …  Read more

Shao, Yixin (Internal/Supervisor)  Read more

Drawing on twelve months of multi-sited ethnography with members of the Washaw Sibi Eeyouch Association (WSEA), this dissertation investigates how notions of community and identity are constructed, interact with each other, and are transformed in a context of ongoing social and institutional change that allows a reflexion about the concept of emergence. Using both ethnographic and historical material, the body of this dissertation deals with different periods of the history of the Harricana River watershed, where Washaw Sibi's traditional territories are located, namely: the early fur trade, the Treaty and post-Confederation period, and the establishment of the WSEA from the …  Read more

Les acides gras oméga-3 ont été promus en tant que nutriments cardioprotecteurs mais il y a une certaine controverse quant à leur rôle dans la prévention des maladies cardiovasculaires. Par ailleurs, la connaissance de leurs effets sur le syndrome coronarien aigu (SCA) est limitée.Nous avons effectué une revue systématique avec méta-analyse pour étudier l'association entre la consommation de poisson et le risque de SCA dans la population générale. Nos résultats ont démontré que la consommation de poisson était inversement associée au risque de SCA. Une relation dose-réponse a été observée et chaque portion de 100 g de poisson par semaine …  Read more

Stability on ice and while wearing skates is a more challenging task than compared to bare foot and on ground; however, no studies exist to quantify how postural responses may specifically differ between these two conditions. Thus the purpose of this study was to compare the postural control responses due to a surface perturbation between bare foot (BF) and skate (SK) wearing conditions as well as between elite and recreational level hockey players. Eleven elite and 13 recreational level hockey players completed 18 crouched standing ("hockey ready posture") trials for both BF and SK conditions. Static (30s) and dynamic perturbation …  Read more

Between 1760 and 1812, the fertile lands around Lake Champlain's Missisquoi Bay were bisected by an international boundary. During this intense period of settlement, these lands were also subject to competing claims by various individuals, states, empires, and Native nations, all of who used grants, leases, surveys, and titles to further their claims. However, this copious property creation did not result in a coherent landscape, governed by authoritative states. Instead, participants used competing titles and overlapping grants to negotiate a spectrum of territorial claims. In many cases, the political, geographic, and economic ambiguities of property were seen as opportunities, rather …  Read more

En utilisant la théorie psychanalytique, cette thèse explore les manières dont la lecture de la littérature jeunesse dans un environnement social peut favoriser un engagement productif avec les désirs, les fantasmes et les angoisses des etudiants en formation à l'enseignement. Situé dans le cadre d'une Faculté de l'éducation dans une université canadienne, cette étude qualitative examine, tout d'abord, comment la pratique de parler de la lecture dans un environnement social peut inspirer les futurs enseignants à s'engager avec les défis de la formation à l'enseignement. Deuxièmement, cette thèse examine comment la lecture de la littérature jeunesse permet aux lecteurs de …  Read more

Gel electrophoresis is recognized as a technique to separate nanoparticles based on size, shape and surface charge, and a means to study nanoparticle physicochemical properties. In this thesis, we first developed an electrokinetic model for bare charged sphere electrophoresis in polyelectrolyte hydrogels, addressing the importance of hydrogel permeability and fixed charge. The model identified parameter space where asymptotic approximations in the literature are accurate, and provided strategies to improve nanoparticle size separation by manipulating parameters, such as gel permeability and ionic strength. To interpret gel electrophoresis of polyelectrolyte coated nanoparticles, a theoretical model on soft sphere gel electrophoresis was established, …  Read more

Plusieurs facteurs tels que le nombre accru des utilisateurs, la découverte de nouvelles méthodes d’accès, l’attrait pour la haute-vitesse de même que les services de haute qualité pour les multimédia justifient concomitamment l’utilisation toujours plus croissante de bande passante au cours des dernières décennies. La technologie de communication par fibre optique a connu un développement sans précédent de manière à satisfaire la demande. Nonobstant les succès et les inconvénients respectifs de ces technologies, ces dernières ont en commun des composants électroniques essentiels tels que les lasers, les amplificateurs et les éléments pour le traitement du signal et pour la gestion …  Read more

L'injection souterraine des nanoparticules de fer à zéro valence (NZVI) est une technologie émergente pour l'assainissement in situ des sites contaminés par des polluants toxiques comme les solvants chlorés et les métaux lourds. L'un des principaux défis dans l'application des particules de NZVI à des fins de rémédiation est que les particules de NZVI ne sont pas facilement transportées dans des milieux poreux souterrains. L'objectif général de cette recherche est de relever ce défi en réalisant un certain nombre d'expériences en colonnes et en 2-D sur desbassins à l'échelle pilote ainsi que par l'analyse de la mécanique de dépôt de …  Read more

Rousseau, Marie-Claude (Internal/Cosupervisor2)  Read more

Inherited mutations in DNA repair genes are major contributors to familial cancer syndromes. Most pathogenic mutations introduce premature stop codons resulting in the loss of protein function. Missense variants of uncertain pathogenic significance are also often observed. In an attempt to understand the physiological attributes of this category of variants, this thesis analysed two recurrent coding variants using a multi-disciplinary approach. The first variant, PMS2 c.2002A>G, was identified in the Inuit population of Quebec and early onset cancers co-segregate with homozygous status. The second, BRCA2 c.6853A>G, appears to be restricted to the Ashkenazi Jewish population and is frequently recorded in …  Read more

This thesis presents an automated topological design system for low frequency electromagnetic devices, e.g. an interior permanent magnet motor. The automated design is carried out through a topological shape optimization process: first, the system employs a topological sensitivity analysis to examine the design domain and to determine the optimal topology (distribution of source and materials); second, the system uses a shape optimizer to further improve the design; these two steps are performed alternately until the optimality condition is satisfied. The robustness of a topology with respect to small variations on its geometries is studied and a robustness measure is defined, …  Read more

Hanley, James Anthony (Supervisor1)  Read more

MATLAB est un langage de script dynamique très utilisé par les scientifiques, les ingénieurs et les étudiants. La syntaxe de haut niveau et le typage dynamique de MATLAB en font un langage idéal pour faire du prototypage rapide, mais les programmeurs préfèrent souvent utiliser des langages statiques performants comme FORTRAN pour la distribution finale. Au lieu de réécrire le code à la main, notre solution est de proposer un compilateur qui traduit le programme MATLAB original vers un program FORTRAN équivalent.Dans cette thèse, nous introduisons MC2FOR, un compilateur qui transforme MATLAB vers FORTRAN et surmonte plusieurs difficultés importantes rencontrées durant …  Read more

Avec l'augmentation explosive des services Internet et des applications diverses allant des vidéos en continu, aux réseaux sociaux en passant par l’informatique en nuage, les exigences pour les plates-formes informatiques modernes ne cessent d'augmenter pour satisfaire la demande pour le calcul rapide et l’analyse et le traitement de données. Cette situation crée des exigences complexes sur les centres de données et réseaux HPC en terme de débit, d’extensibilité et de consommation d'énergie. Un réseau d'interconnexion optique à faible consommation d'énergie est proposé comme moyen prometteur pour répondre à l'augmentation de la bande passante et du débit de données pour les …  Read more

A massive database of all financial contributions made by individuals to American political campaigns since the 1970s exists and is publicly available. If not for widespread spelling and naming inconsistencies and, of greater concern, the absence of unique identifiers for individual contributors in this database, it would be an unparalleled resource for academic and professional analysis of political behavior in the United States. We have developed a deduplication system which links together the contributions made by single individuals, effecively creating contributor identifiers. Of interest to both the entity resolution community, and those working on crowdsourcing, our disambiguation system makes use …  Read more

Behavioural scientists typically classify cognitive processes as either controlled or automatic. Whereas controlled processes are slow and effortful, automatic processes are fast and involuntary. Cognitive researchers have recently begun investigating how top-down influence in the form of suggestion can allow individuals to modulate the automaticity of deeply ingrained processes. The present thesis surveys a background of converging findings that collectively indicate that certain individuals can derail involuntary processes, such as reading. We extend previous Stroop findings to several other well-established automatic paradigms, including the McGurk effect. We thus demonstrate how, in the case of highly suggestible individuals, suggestion seems to …  Read more

Cis-regulatory variants are predicted to mediate the majority of the known common genetic associations to complex disease, yet the specific causal variants and the corresponding cis-regulatory mechanisms have thus far been poorly characterized. We attempted to address this by using allele-specific analyses of gene expression and chromatin marks assessed in diverse populations of human cells. The first chapter of this thesis is a review of the literature. The second chapter describes an allele-specific (AS) expression study we performed using 4 large population cohorts of human cells. We mapped SNPs associated to differential allelic-expression (AE) of protein coding and non-coding (nc) …  Read more

La surpopulation dans les urgences est un problème très répandu qui peut incommoder les hôpitaux à promulguer des soins urgents dans des délais raisonnables. Au-delà de la satisfaction du patient, le problème de surpopulation entraine une augmentation du nombre de décès en salle d'attente, référant à la mort de patient durant l'attente d'une prise en charge, laquelle est causée par manque de soins médicaux. Ce problème met en évidence l'importance d'améliorer la qualité des soins médicaux, c'est pourquoi un système de surveillance médicale (SSM) pourrait aider le personnel médical à contrôler l'état des patients, en envoyant automatiquement des messages d'alerte …  Read more

Partie ILa synthase farnésyl-pyrophosphate humaine (FPPSh) représente une enzyme essentielle qui contrôle le premier point de dérivation de la voie du mévalonate. Elle catalyse les condensations consécutives du diméthylallyl-pyrophosphate (DMAPP) avec deux molécules d'isopentényl-pyrophosphate (IPP) afin de produire la farnésyl-pyrophosphate (FPP), un métabolite nécessaire pour la prénylation de plusieurs protéines. Les bisphosphonates contenants un groupe d'azote (N-BPs), une famille des inhibiteurs qui visent la sous-poche allylique de la FPPSh, ont été approuvés pour le traitement des maladies qui causent la résorption des os. Ils présentent aussi un effet direct ainsi qu'indirect anti-cancer in Vitro et sont considérés comme des agents …  Read more

Les traitements ciblés n'ont pas donné de bons résultats efficaces pour le glioblastome multiforme; à l'inverse, il y a eu des preuves que les médicaments qui ciblent l'axe de signalisation VEGF-VEGFR2 induisent effectivement une forme de réponse pro-invasive dans un sous-groupe de patients. (Degroot, 2010) Cette réponse pro-invasive à la thérapie anti-angiogénique est médiée par le récepteur de HGF, MET. (Lu, 2012) Cependant, l'expression de MET seule n'est pas prédictive d'une réponse pro-invasive et donc les biomarqueurs de ce phénomène sont désespérément nécessaires pour optimiser le traitement de cette maladie agressive et mortelle. O(6)-méthylguanine ADN-méthyltransférase (MGMT), une protéine de réparation, …  Read more

Raghavan, G. S. Vijaya (Supervisor1)  Read more

The endoplasmic reticulum (ER) contains specialized machinery for the maturation of secretory and transmembrane proteins. During maturation in the ER, protein folding and modification by ER chaperones and foldases is necessary for proteins to reach their native conformation for biological function. However, under both pathological and physiological conditions, proteins may fail to fold or may be persistently misfolded. This is potentially harmful. If misfolded proteins accumulate, ER homeostasis is perturbed and the result can lead to a situation known as ER stress. Furthermore, if ER stress is prolonged or sufficiently severe, it poses a significant threat to cell activity and …  Read more

Communicating feelings and emotions with each other using multiple cues (e.g., facial expressions, prosodic cues, body postures, etc.) is a common and essential part of our daily life and vital to human's survival as social beings. Meanwhile, as the phenomenon of cultural exchanges is multiplying around the world, it is not unusual that emotional communication occurs between people from different cultural backgrounds, where misunderstandings are likely to be encountered due to culturally-varied rules and routines for social communication. A comprehensive investigation of the culturally-specified biases in communicating multi-sensory emotions, which might potentially help eliminate misunderstandings and promote relations between different …  Read more

Les polymères à fibre de carbone (FC) sont de nos jours les composites les plus largementutilisés dans le domaine aéronautique. Cependant, assurer l'intégrité de ces structures compositesreste l'un des principaux défis. En mesurant la variation de la résistance électrique descomposites polymère-FC, il est possible de surveiller les déformations et les dommages in-situen temps réel. L'objectif de ce travail est d'étudier l'influence de l'addition de nanotubes decarbone (NTCs) dans des polymère-FC sur la capacité d'auto-détection des déformations et desendommagements structurels. Premièrement, les conductivités continues et alternatives derésines époxy contenant différentes concentrations en poids de NTC sont mesurées afin decaractériser le seuil …  Read more

Wnt-β-catenin signaling is a major pathway controlling gene transcription, cell cycle and cell fate determination. Deregulated Wnt signaling has been implicated in many human diseases, particularly cancers. The key step in the pathway seems to be the switch from constitutive degradation of β-catenin to its stabilization and transport into the nucleus. Axin is a scaffold protein that recruits many components to build what has been called the β-catenin destruction complex. Wnt activation appears to inhibit the function of the complex, but despite intensive investigation, the actual regulatory mechanism remains unclear.Our lab has established a new cell fractionation method that can …  Read more